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- PDB-5hsz: Structure of the K. pneumonia SlmA protein bound to the C-termina... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hsz
タイトルStructure of the K. pneumonia SlmA protein bound to the C-terminal tail of the cytoskeletal cell division protein FtsZ
要素
  • C-terminal Tail of FtsZ
  • Nucleoid occlusion factor SlmA
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / SlmA / nucleoid occlusion / FtsZ (FtsZ) / Z-ring / cell division (細胞分裂) / cytokinesis (細胞質分裂)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of division septum assembly / bacterial nucleoid / divisome complex / chloroplast fission / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / cell division site / protein polymerization / sequence-specific DNA binding / 細胞周期 ...negative regulation of division septum assembly / bacterial nucleoid / divisome complex / chloroplast fission / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / cell division site / protein polymerization / sequence-specific DNA binding / 細胞周期 / 細胞分裂 / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Nucleoid occlusion factor SlmA / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. ...Nucleoid occlusion factor SlmA / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoid occlusion factor SlmA / Cell division protein FtsZ
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zeng, W. / Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structures of the nucleoid occlusion protein SlmA bound to DNA and the C-terminal domain of the cytoskeletal protein FtsZ.
著者: Schumacher, M.A. / Zeng, W.
履歴
登録2016年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoid occlusion factor SlmA
B: Nucleoid occlusion factor SlmA
K: C-terminal Tail of FtsZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8706
ポリマ－46,5823
非ポリマー2883
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area17830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.261, 69.261, 325.613
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Nucleoid occlusion factor SlmA


分子量: 22654.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (strain ATCC 700721 / MGH 78578) (肺炎桿菌)
株: ATCC 700721 / MGH 78578 / 遺伝子: slmA, KPN78578_39420, KPN_03981 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6TFN2
#2: タンパク質・ペプチド C-terminal Tail of FtsZ


分子量: 1273.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P0A9A6*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 600 mM Sodium phosphate, 1200 mM potassium phosphate, 0.1 M imidazole pH 8.0, 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→59.982 Å / Num. obs: 34960 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→59.982 Å / FOM work R set: 0.7878 / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.08 / 位相誤差: 27.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2674 3497 10 %
Rwork0.2156 31463 -
obs0.2207 34960 90.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.151 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 173.82 Å2 / Biso mean: 50.71 Å2 / Biso min: 10.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.8222 Å2-0 Å2-0 Å2
2--5.8222 Å20 Å2
3----11.6445 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→59.982 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3219 0 15 108 3342
Biso mean--105.4 41.34 -
残基数----397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023272
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5344393
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039497
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001567
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6361274
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.38220.31852370.24382085232260
2.3822-2.47760.32242760.25272446272270
2.4776-2.59040.31823130.24412785309881
2.5904-2.72690.31343560.23253225358192
2.7269-2.89780.29653860.25733471385799
2.8978-3.12150.34813830.251734793862100
3.1215-3.43560.28533960.232635013897100
3.4356-3.93270.23043900.191634663856100
3.9327-4.95440.20153840.168135333917100
4.9544-60.00220.26293760.21963472384899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.04670.07650.00190.1305-0.08310.1891-0.39990.0013-0.03910.14090.2162-0.0069-0.30640.004-0.00110.3888-0.06140.05810.25140.10530.258324.265-8.0717-32.6046
20.33780.1787-0.35090.30250.22131.3097-0.0465-0.13490.13530.023-0.071-0.0877-0.63450.1335-0.0230.0768-0.02110.02050.16320.0280.157323.3073-17.2898-11.8388
30.7818-0.1345-0.25971.6906-0.00060.661-0.0936-0.3249-0.1388-0.6463-0.1634-0.01490.1292-0.15860.0455-0.32930.05720.07240.15910.03010.181219.4653-27.5058-9.2473
40.7989-0.1775-0.03470.24270.36161.35540.017-0.1926-0.0758-0.03110.1067-0.0365-0.4695-0.4110.12730.11850.07390.03560.1790.02510.118511.5307-16.2987-3.8383
50.2415-0.09890.06040.0569-0.00710.032-0.1856-0.0755-0.0523-0.2508-0.0913-0.07020.14050.08310.00240.4512-0.1385-0.10851.15090.40150.4501-18.4942-19.6988-34.0256
60.20510.49860.03351.1929-0.0210.0814-0.42250.3457-0.0846-0.53960.74060.3310.4202-0.55120.01220.3046-0.0483-0.06770.85970.17850.1945-6.1388-17.4851-30.7993
70.879-0.0258-0.24580.46360.14470.83830.10780.02530.04280.0050.1612-0.104-0.5229-0.86520.31660.17610.23150.07040.40640.12210.1502-3.3781-13.9702-7.5967
80.75630.0629-0.14010.5789-0.06470.0449-0.2754-0.2486-0.16880.14340.4344-0.24960.1305-0.0822-0.1448-0.28210.16040.05060.25190.05490.18373.2685-25.8035-6.3898
90.0426-0.00050.0350.0038-0.01270.07110.0479-0.108-0.0109-0.1277-0.0149-0.1631-0.04090.0450.02150.3986-0.14560.09770.38420.04560.065128.5502-10.4015-11.1181
100.00820.0062-0.00490.0037-0.00190.00280.00270.0511-0.03370.0249-0.0497-0.06140.0430.0492-00.922-0.15430.17740.48340.06740.719230.6426-1.084-19.5303
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 11:55)A11 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 56:115)A56 - 115
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 116:150)A116 - 150
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 151:198)A151 - 198
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 3:17)B3 - 17
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 18:74)B18 - 74
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 75:172)B75 - 172
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 173:198)B173 - 198
9X-RAY DIFFRACTION9(chain K and resid 372:377)K372 - 377
10X-RAY DIFFRACTION10(chain K and resid 378:382)K378 - 382

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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