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Yorodumi- PDB-5hqw: Crystal structure of a trans-AT PKS dehydratase domain of C0ZGQ6 ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hqw | ||||||
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Title | Crystal structure of a trans-AT PKS dehydratase domain of C0ZGQ6 from Brevibacillus brevis | ||||||
Components | Putative polyketide synthase | ||||||
Keywords | LYASE / polyketide / dehydratase / trans-AT / PKS | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Brevibacillus brevis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / FREE ELECTRON LASER / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.39 Å | ||||||
Authors | Jakob, R.P. / Hauswirth, P. / Dilmi, J. / Herbst, D.A. / Maier, T. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structures of Dehydratase Domains from trans AT Polyketide Biosynthetic Pathway. Authors: Jakob, R.P. / Herbst, D.A. / Muller, R. / Maier, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5hqw.cif.gz | 329.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5hqw.ent.gz | 275.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5hqw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/5hqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/5hqw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3kg9S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36420.336 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Brevibacillus brevis (strain 47 / JCM 6285 / NBRC 100599) (bacteria) Strain: 47 / JCM 6285 / NBRC 100599 / Gene: BBR47_39880 / Plasmid: pNIC28a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: C0ZGQ6, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase #2: Chemical | ChemComp-MG / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550, 0.03 M MgCl and CaCl2, 0.05 M Bicine pH 8.5, Tris/HCl pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: Y |
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Diffraction source | Source: FREE ELECTRON LASER / Site: SACLA / Beamline: BL3 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 14, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.39→62.035 Å / Num. obs: 24881 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.39→2.53 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.04 / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / % possible all: 97.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3KG9 Resolution: 2.39→62.035 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 28.18 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.39→62.035 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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