PDB-5hlg: Structure of reduced AbfR bound to DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hlg

タイトル

Structure of reduced AbfR bound to DNA

要素

DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*T)-3')
MarR family transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Liu, G. / Liu, X. / Gan, J. / Yang, C.G.

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Structural Insights into the Redox-Sensing Mechanism of MarR-Type Regulator AbfR.
著者: Liu, G. / Liu, X. / Xu, H. / Liu, X. / Zhou, H. / Huang, Z. / Gan, J. / Chen, H. / Lan, L. / Yang, C.G.

履歴

登録	2016年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月5日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hlg.cif.gz	335.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hlg.ent.gz	264.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hlg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/5hlg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/5hlg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似性 (1)
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類似性 (1)

登録構造単位

I: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*T)-3')

J: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*T)-3')

K: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*T)-3')

L: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*T)-3')

M: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*T)-3')

N: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*T)-3')

O: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*T)-3')

P: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*T)-3')

A: MarR family transcriptional regulator

B: MarR family transcriptional regulator

C: MarR family transcriptional regulator

D: MarR family transcriptional regulator

E: MarR family transcriptional regulator

F: MarR family transcriptional regulator

G: MarR family transcriptional regulator

H: MarR family transcriptional regulator

199 kDa, 16 ポリマー
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1

I: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*T)-3')

J: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*T)-3')

A: MarR family transcriptional regulator

B: MarR family transcriptional regulator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.9 kDa, 4 ポリマー
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2

K: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*T)-3')

L: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*T)-3')

C: MarR family transcriptional regulator

D: MarR family transcriptional regulator

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3

M: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*T)-3')

N: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*T)-3')

E: MarR family transcriptional regulator

F: MarR family transcriptional regulator

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O: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*T)-3')

P: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*T)-3')

G: MarR family transcriptional regulator

H: MarR family transcriptional regulator

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単位格子

Length a, b, c (Å)	150.325, 290.504, 52.584
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	DT	DT	DT	DT	I	A	1 - 24	1 - 24
2	1	DT	DT	DT	DT	J	B	1 - 24	1 - 24
1	2	DT	DT	DT	DT	I	A	1 - 24	1 - 24
2	2	DT	DT	DT	DT	K	C	1 - 24	1 - 24
1	3	DT	DT	DT	DT	I	A	1 - 24	1 - 24
2	3	DT	DT	DT	DT	L	D	1 - 24	1 - 24
1	4	DT	DT	DT	DT	I	A	1 - 24	1 - 24
2	4	DT	DT	DT	DT	M	E	1 - 24	1 - 24
1	5	DT	DT	DT	DT	I	A	1 - 24	1 - 24
2	5	DT	DT	DT	DT	N	F	1 - 24	1 - 24
1	6	DT	DT	DT	DT	I	A	1 - 24	1 - 24
2	6	DT	DT	DT	DT	O	G	1 - 24	1 - 24
1	7	DT	DT	DT	DT	I	A	1 - 24	1 - 24
2	7	DT	DT	DT	DT	P	H	1 - 24	1 - 24
1	8	DT	DT	DT	DT	J	B	1 - 24	1 - 24
2	8	DT	DT	DT	DT	K	C	1 - 24	1 - 24
1	9	DT	DT	DT	DT	J	B	1 - 24	1 - 24
2	9	DT	DT	DT	DT	L	D	1 - 24	1 - 24
1	10	DT	DT	DT	DT	J	B	1 - 24	1 - 24
2	10	DT	DT	DT	DT	M	E	1 - 24	1 - 24
1	11	DT	DT	DT	DT	J	B	1 - 24	1 - 24
2	11	DT	DT	DT	DT	N	F	1 - 24	1 - 24
1	12	DT	DT	DT	DT	J	B	1 - 24	1 - 24
2	12	DT	DT	DT	DT	O	G	1 - 24	1 - 24
1	13	DT	DT	DT	DT	J	B	1 - 24	1 - 24
2	13	DT	DT	DT	DT	P	H	1 - 24	1 - 24
1	14	DT	DT	DT	DT	K	C	1 - 24	1 - 24
2	14	DT	DT	DT	DT	L	D	1 - 24	1 - 24
1	15	DT	DT	DT	DT	K	C	1 - 24	1 - 24
2	15	DT	DT	DT	DT	M	E	1 - 24	1 - 24
1	16	DT	DT	DT	DT	K	C	1 - 24	1 - 24
2	16	DT	DT	DT	DT	N	F	1 - 24	1 - 24
1	17	DT	DT	DT	DT	K	C	1 - 24	1 - 24
2	17	DT	DT	DT	DT	O	G	1 - 24	1 - 24
1	18	DT	DT	DT	DT	K	C	1 - 24	1 - 24
2	18	DT	DT	DT	DT	P	H	1 - 24	1 - 24
1	19	DT	DT	DT	DT	L	D	1 - 24	1 - 24
2	19	DT	DT	DT	DT	M	E	1 - 24	1 - 24
1	20	DT	DT	DT	DT	L	D	1 - 24	1 - 24
2	20	DT	DT	DT	DT	N	F	1 - 24	1 - 24
1	21	DT	DT	DT	DT	L	D	1 - 24	1 - 24
2	21	DT	DT	DT	DT	O	G	1 - 24	1 - 24
1	22	DT	DT	DT	DT	L	D	1 - 24	1 - 24
2	22	DT	DT	DT	DT	P	H	1 - 24	1 - 24
1	23	DT	DT	DT	DT	M	E	1 - 24	1 - 24
2	23	DT	DT	DT	DT	N	F	1 - 24	1 - 24
1	24	DT	DT	DT	DT	M	E	1 - 24	1 - 24
2	24	DT	DT	DT	DT	O	G	1 - 24	1 - 24
1	25	DT	DT	DT	DT	M	E	1 - 24	1 - 24
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1	26	DT	DT	DT	DT	N	F	1 - 24	1 - 24
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2	27	DT	DT	DT	DT	P	H	1 - 24	1 - 24
1	28	DT	DT	DT	DT	O	G	1 - 24	1 - 24
2	28	DT	DT	DT	DT	P	H	1 - 24	1 - 24
1	29	GLN	GLN	GLU	GLU	A	I	3 - 145	5 - 147
2	29	GLN	GLN	GLU	GLU	B	J	3 - 145	5 - 147
1	30	GLU	GLU	GLU	GLU	A	I	4 - 145	6 - 147
2	30	GLU	GLU	GLU	GLU	C	K	4 - 145	6 - 147
1	31	GLN	GLN	LEU	LEU	A	I	3 - 143	5 - 145
2	31	GLN	GLN	LEU	LEU	D	L	3 - 143	5 - 145
1	32	GLN	GLN	ILE	ILE	A	I	3 - 144	5 - 146
2	32	GLN	GLN	ILE	ILE	E	M	3 - 144	5 - 146
1	33	GLN	GLN	ILE	ILE	A	I	3 - 144	5 - 146
2	33	GLN	GLN	ILE	ILE	F	N	3 - 144	5 - 146
1	34	GLN	GLN	GLU	GLU	A	I	3 - 145	5 - 147
2	34	GLN	GLN	GLU	GLU	G	O	3 - 145	5 - 147
1	35	GLN	GLN	GLU	GLU	A	I	3 - 145	5 - 147
2	35	GLN	GLN	GLU	GLU	H	P	3 - 145	5 - 147
1	36	GLU	GLU	GLU	GLU	B	J	4 - 145	6 - 147
2	36	GLU	GLU	GLU	GLU	C	K	4 - 145	6 - 147
1	37	MET	MET	ILE	ILE	B	J	1 - 144	3 - 146
2	37	MET	MET	ILE	ILE	D	L	1 - 144	3 - 146
1	38	MET	MET	GLU	GLU	B	J	1 - 145	3 - 147
2	38	MET	MET	GLU	GLU	E	M	1 - 145	3 - 147
1	39	MET	MET	GLU	GLU	B	J	1 - 145	3 - 147
2	39	MET	MET	GLU	GLU	F	N	1 - 145	3 - 147
1	40	GLN	GLN	GLU	GLU	B	J	3 - 145	5 - 147
2	40	GLN	GLN	GLU	GLU	G	O	3 - 145	5 - 147
1	41	MET	MET	GLU	GLU	B	J	1 - 145	3 - 147
2	41	MET	MET	GLU	GLU	H	P	1 - 145	3 - 147
1	42	GLU	GLU	LEU	LEU	C	K	4 - 143	6 - 145
2	42	GLU	GLU	LEU	LEU	D	L	4 - 143	6 - 145
1	43	GLU	GLU	ILE	ILE	C	K	4 - 144	6 - 146
2	43	GLU	GLU	ILE	ILE	E	M	4 - 144	6 - 146
1	44	GLU	GLU	ILE	ILE	C	K	4 - 144	6 - 146
2	44	GLU	GLU	ILE	ILE	F	N	4 - 144	6 - 146
1	45	GLU	GLU	GLU	GLU	C	K	4 - 145	6 - 147
2	45	GLU	GLU	GLU	GLU	G	O	4 - 145	6 - 147
1	46	GLU	GLU	ILE	ILE	C	K	4 - 144	6 - 146
2	46	GLU	GLU	ILE	ILE	H	P	4 - 144	6 - 146
1	47	ASN	ASN	ILE	ILE	D	L	0 - 144	2 - 146
2	47	ASN	ASN	ILE	ILE	E	M	0 - 144	2 - 146
1	48	ASN	ASN	LEU	LEU	D	L	0 - 143	2 - 145
2	48	ASN	ASN	LEU	LEU	F	N	0 - 143	2 - 145
1	49	GLN	GLN	LEU	LEU	D	L	3 - 143	5 - 145
2	49	GLN	GLN	LEU	LEU	G	O	3 - 143	5 - 145
1	50	MET	MET	LEU	LEU	D	L	1 - 143	3 - 145
2	50	MET	MET	LEU	LEU	H	P	1 - 143	3 - 145
1	51	ASN	ASN	GLU	GLU	E	M	0 - 145	2 - 147
2	51	ASN	ASN	GLU	GLU	F	N	0 - 145	2 - 147
1	52	GLN	GLN	ILE	ILE	E	M	3 - 144	5 - 146
2	52	GLN	GLN	ILE	ILE	G	O	3 - 144	5 - 146
1	53	MET	MET	GLU	GLU	E	M	1 - 145	3 - 147
2	53	MET	MET	GLU	GLU	H	P	1 - 145	3 - 147
1	54	GLN	GLN	ILE	ILE	F	N	3 - 144	5 - 146
2	54	GLN	GLN	ILE	ILE	G	O	3 - 144	5 - 146
1	55	MET	MET	GLU	GLU	F	N	1 - 145	3 - 147
2	55	MET	MET	GLU	GLU	H	P	1 - 145	3 - 147
1	56	GLN	GLN	ILE	ILE	G	O	3 - 144	5 - 146
2	56	GLN	GLN	ILE	ILE	H	P	3 - 144	5 - 146

NCSアンサンブル:

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(TPAPAPCPTPCPAPAPTPCPGPCPGPCPGPCPGPAPTPTPGPAPGPT)-3') 分子量: 7369.767 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質	MarR family transcriptional regulator 分子量: 17555.832 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌) 遺伝子: ADT70_02765, SETS_06435 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N1EJ89, UniProt: Q5HKZ1*PLUS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.25 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100mM sodium cacodylate, 100mM NaCl, 50mM MgCl2, 12% PEG 5000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9735 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9735 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 47129 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 14.1 % / Net I/σ(I): 24
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HBL

4hbl

解像度: 3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 17.415 / SU ML: 0.318 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.425 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25675	2380	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22596	-	-	-
obs	0.22756	44652	99.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 92.104 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.48 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-5.08 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9112	3912	0	0	13024

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.017	13641
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	11059
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.256	1.683	19213
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.794	3	25552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.836	5	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.945	25.172	493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.646	15	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.761	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	12739
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	3185
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	I	1570	0.04
1	2	J	1570	0.04
2	1	I	1576	0.03
2	2	K	1576	0.03
3	1	I	1560	0.06
3	2	L	1560	0.06
4	1	I	1582	0.03
4	2	M	1582	0.03
5	1	I	1577	0.03
5	2	N	1577	0.03
6	1	I	1565	0.07
6	2	O	1565	0.07
7	1	I	1572	0.05
7	2	P	1572	0.05
8	1	J	1579	0.03
8	2	K	1579	0.03
9	1	J	1586	0.04
9	2	L	1586	0.04
10	1	J	1580	0.03
10	2	M	1580	0.03
11	1	J	1579	0.03
11	2	N	1579	0.03
12	1	J	1567	0.07
12	2	O	1567	0.07
13	1	J	1574	0.05
13	2	P	1574	0.05
14	1	K	1569	0.05
14	2	L	1569	0.05
15	1	K	1588	0.01
15	2	M	1588	0.01
16	1	K	1582	0.02
16	2	N	1582	0.02
17	1	K	1575	0.06
17	2	O	1575	0.06
18	1	K	1580	0.04
18	2	P	1580	0.04
19	1	L	1572	0.05
19	2	M	1572	0.05
20	1	L	1572	0.05
20	2	N	1572	0.05
21	1	L	1560	0.08
21	2	O	1560	0.08
22	1	L	1566	0.04
22	2	P	1566	0.04
23	1	M	1589	0.01
23	2	N	1589	0.01
24	1	M	1578	0.06
24	2	O	1578	0.06
25	1	M	1584	0.04
25	2	P	1584	0.04
26	1	N	1577	0.06
26	2	O	1577	0.06
27	1	N	1583	0.04
27	2	P	1583	0.04
28	1	O	1569	0.07
28	2	P	1569	0.07
29	1	A	7324	0.11
29	2	B	7324	0.11
30	1	A	7347	0.1
30	2	C	7347	0.1
31	1	A	7263	0.1
31	2	D	7263	0.1
32	1	A	7339	0.1
32	2	E	7339	0.1
33	1	A	7317	0.11
33	2	F	7317	0.11
34	1	A	7426	0.09
34	2	G	7426	0.09
35	1	A	7339	0.09
35	2	H	7339	0.09
36	1	B	7376	0.1
36	2	C	7376	0.1
37	1	B	7506	0.09
37	2	D	7506	0.09
38	1	B	7530	0.11
38	2	E	7530	0.11
39	1	B	7530	0.1
39	2	F	7530	0.1
40	1	B	7460	0.09
40	2	G	7460	0.09
41	1	B	7714	0.1
41	2	H	7714	0.1
42	1	C	7198	0.11
42	2	D	7198	0.11
43	1	C	7343	0.09
43	2	E	7343	0.09
44	1	C	7278	0.11
44	2	F	7278	0.11
45	1	C	7390	0.1
45	2	G	7390	0.1
46	1	C	7354	0.1
46	2	H	7354	0.1
47	1	D	7541	0.1
47	2	E	7541	0.1
48	1	D	7485	0.09
48	2	F	7485	0.09
49	1	D	7335	0.1
49	2	G	7335	0.1
50	1	D	7455	0.09
50	2	H	7455	0.09
51	1	E	7517	0.11
51	2	F	7517	0.11
52	1	E	7385	0.1
52	2	G	7385	0.1
53	1	E	7537	0.1
53	2	H	7537	0.1
54	1	F	7400	0.1
54	2	G	7400	0.1
55	1	F	7545	0.1
55	2	H	7545	0.1
56	1	G	7420	0.09
56	2	H	7420	0.09

LS精密化シェル

解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	166	-
R_work	0.311	3207	-
obs	-	-	98.11 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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