[日本語] English
万見
- PDB-5hg1: Crystal Structure of Human Hexokinase 2 with cmpd 1, a C-2-substi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hg1
タイトルCrystal Structure of Human Hexokinase 2 with cmpd 1, a C-2-substituted glucosamine
要素Hexokinase-2ヘキソキナーゼ
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / metabolism (代謝) / inhibitor complex (酵素阻害剤) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial membrane permeability / hexokinase activity / maintenance of protein location in mitochondrion / regulation of glucose import / positive regulation of autophagy of mitochondrion in response to mitochondrial depolarization / establishment of protein localization to mitochondrion / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity ...negative regulation of mitochondrial membrane permeability / hexokinase activity / maintenance of protein location in mitochondrion / regulation of glucose import / positive regulation of autophagy of mitochondrion in response to mitochondrial depolarization / establishment of protein localization to mitochondrion / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / D-glucose binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / 解糖系 / apoptotic mitochondrial changes / intracellular glucose homeostasis / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / 授乳 / cellular response to leukemia inhibitory factor / 筋小胞体 / response to ischemia / glycolytic process / glucose metabolic process / positive regulation of angiogenesis / mitochondrial outer membrane / response to hypoxia / intracellular membrane-bounded organelle / 中心体 / ミトコンドリア / ATP binding / 生体膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / ヘキソキナーゼ / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / ヘキソキナーゼ / ヘキソキナーゼ / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. ...Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / ヘキソキナーゼ / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / ヘキソキナーゼ / ヘキソキナーゼ / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-62C / 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / クエン酸 / Hexokinase-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Campobasso, N. / Zhao, B. / Smallwood, A.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Discovery of a Novel 2,6-Disubstituted Glucosamine Series of Potent and Selective Hexokinase 2 Inhibitors.
著者: Lin, H. / Zeng, J. / Xie, R. / Schulz, M.J. / Tedesco, R. / Qu, J. / Erhard, K.F. / Mack, J.F. / Raha, K. / Rendina, A.R. / Szewczuk, L.M. / Kratz, P.M. / Jurewicz, A.J. / Cecconie, T. / ...著者: Lin, H. / Zeng, J. / Xie, R. / Schulz, M.J. / Tedesco, R. / Qu, J. / Erhard, K.F. / Mack, J.F. / Raha, K. / Rendina, A.R. / Szewczuk, L.M. / Kratz, P.M. / Jurewicz, A.J. / Cecconie, T. / Martens, S. / McDevitt, P.J. / Martin, J.D. / Chen, S.B. / Jiang, Y. / Nickels, L. / Schwartz, B.J. / Smallwood, A. / Zhao, B. / Campobasso, N. / Qian, Y. / Briand, J. / Rominger, C.M. / Oleykowski, C. / Hardwicke, M.A. / Luengo, J.I.
履歴
登録2016年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hexokinase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,1515
ポリマ－102,9451
非ポリマー1,2064
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area36140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.120, 165.120, 126.478
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Hexokinase-2 / ヘキソキナーゼ / Hexokinase type II / HK II / Muscle form hexokinase


分子量: 102945.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52789, ヘキソキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-62C / 2-deoxy-2-{[(2E)-3-(3,4-dichlorophenyl)prop-2-enoyl]amino}-alpha-D-glucopyranose


分子量: 378.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H17Cl2NO6
#3: 糖 ChemComp-BG6 / 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / β-D-グルコピラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト / クエン酸


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.56 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: protein: 6.6 mgs/mL, 10mM Tris HCL, pH=8, 0.1 M NaCl, 1mM DTT, 20mM MgCl2 Well: 0.2 M Na Citrate pH 5.5, 14-24 % PEG3350, 20 % ethylene glycol
PH範囲: 5 - 6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→126.48 Å / Num. obs: 51701 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / Net I/σ(I): 18.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.76→71.499 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2658 2476 4.8 %
Rwork0.2177 --
obs0.22 51597 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→71.499 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6528 0 77 8 6613
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086701
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2349041
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8525455
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691043
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091173
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7554-2.80840.38491400.33382712X-RAY DIFFRACTION100
2.8084-2.86570.33851340.30962661X-RAY DIFFRACTION100
2.8657-2.92810.39081300.29222705X-RAY DIFFRACTION100
2.9281-2.99620.37191000.28952740X-RAY DIFFRACTION100
2.9962-3.07110.33181340.28752705X-RAY DIFFRACTION100
3.0711-3.15410.31741710.282681X-RAY DIFFRACTION100
3.1541-3.2470.3241590.28012685X-RAY DIFFRACTION100
3.247-3.35180.33341380.25812700X-RAY DIFFRACTION100
3.3518-3.47150.3071490.24082707X-RAY DIFFRACTION100
3.4715-3.61050.26351230.22692720X-RAY DIFFRACTION100
3.6105-3.77490.25041380.22032731X-RAY DIFFRACTION100
3.7749-3.97390.29311520.21292704X-RAY DIFFRACTION100
3.9739-4.22280.2691330.19362738X-RAY DIFFRACTION100
4.2228-4.54880.21591490.17632720X-RAY DIFFRACTION100
4.5488-5.00650.22811250.16992756X-RAY DIFFRACTION100
5.0065-5.73060.20681260.19672791X-RAY DIFFRACTION100
5.7306-7.21890.26031220.22392803X-RAY DIFFRACTION100
7.2189-71.52310.22791530.1912862X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る