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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5het | ||||||
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タイトル | The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 (G330T mutant) | ||||||
![]() | Disks large homolog 4 | ||||||
![]() | PEPTIDE BINDING PROTEIN / PDZ / ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() RHO GTPases activate CIT / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neuronal ion channel clustering / P2Y1 nucleotide receptor binding / Neurexins and neuroligins / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | White, K.I. / Raman, A.S. / Ranganathan, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Origins of Allostery and Evolvability in Proteins: A Case Study. 著者: Raman, A.S. / White, K.I. / Ranganathan, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12782.120 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ-3 domain (UNP residues 302-402) / 変異: G330T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.51 % |
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結晶化![]() | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Reservoir solution contained 1.05 M sodium citrate, pH 7.0. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (7 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of ...詳細: Reservoir solution contained 1.05 M sodium citrate, pH 7.0. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (7 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.001→36.516 Å / Num. obs: 8697 / % possible obs: 99.42 % / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 35.095 |
反射 シェル | 解像度: 2.0011→2.1264 Å / 冗長度: 8.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.077 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1BFE 解像度: 2.001→36.516 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 19.01 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.001→36.516 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 41.9556 Å / Origin y: 59.8266 Å / Origin z: 33.7194 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain A and resi 298:415 |