+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hb7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Chaetomium thermophilum Nup53 RRM | ||||||||||||||||||||||||||||||
Components | Nucleoporin NUP53 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Nucleocytoplasmic Transport / Protein transport | ||||||||||||||||||||||||||||||
Function / homology | mRNA transport / nuclear pore / protein transport / nuclear membrane / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / IODIDE ION / Nucleoporin NUP53 Function and homology information | ||||||||||||||||||||||||||||||
Biological species | Chaetomium thermophilum (fungus) | ||||||||||||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 0.819 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Authors | Lin, D.H. / Stuwe, T. / Hoelz, A. | ||||||||||||||||||||||||||||||
Funding support | United States, Germany, China, 9items
| ||||||||||||||||||||||||||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2016 Title: Architecture of the symmetric core of the nuclear pore. Authors: Lin, D.H. / Stuwe, T. / Schilbach, S. / Rundlet, E.J. / Perriches, T. / Mobbs, G. / Fan, Y. / Thierbach, K. / Huber, F.M. / Collins, L.N. / Davenport, A.M. / Jeon, Y.E. / Hoelz, A. | ||||||||||||||||||||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5hb7.cif.gz | 106.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5hb7.ent.gz | 84.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5hb7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/5hb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/5hb7 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 5haxC 5hayC 5hazC 5hb0C 5hb1C 5hb2C 5hb3C 5hb4C 5hb5C 5hb6C 5hb8C C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 14342.988 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (fungus) Strain: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / Gene: NUP53, CTHT_0012410 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: G0S156 | ||
---|---|---|---|
#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.84 Å3/Da / Density % sol: 33.3 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M HEPES (pH 7.0), 24 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M potassium iodide |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.7293 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 25, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.7293 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 0.8→40 Å / Num. obs: 92712 / % possible obs: 88.4 % / Redundancy: 9.6 % / Net I/σ(I): 29.3 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Resolution: 0.819→38.586 Å / SU ML: 0.05 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 11.08 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 0.819→38.586 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|