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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5h5z | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of bony fish MHC class I, peptide and B2m II | |||||||||
要素 |
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キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / MHC / IMMUNOLOGY (免疫学) / IMMUNE SYSTEM-TRANSRERASE COMPLEX (免疫系) / PEPTIDE BINDING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / MHC class I protein complex / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm ...NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / viral transcription / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / MHC class I protein complex / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / 免疫応答 / RNA依存性RNAポリメラーゼ / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTPase activity / extracellular region / ATP binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Ctenopharyngodon idella (ソウギョ) Spring viraemia of carp virus (コイ春ウイルス病) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen, Z. / Zhang, N. / Qi, J. / Li, X. / Chen, R. / Wang, Z. / Gao, F.G. / Xia, C. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Iscience / 年: 2020 タイトル: The Mechanism of beta 2m Molecule-Induced Changes in the Peptide Presentation Profile in a Bony Fish. 著者: Li, Z. / Zhang, N. / Ma, L. / Zhang, L. / Meng, G. / Xia, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5h5z.cif.gz | 185.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5h5z.ent.gz | 145.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5h5z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/5h5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/5h5z | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31449.723 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 17-291 / 変異: E45K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ctenopharyngodon idella (ソウギョ) 遺伝子: UAA106 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q65XY8 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11315.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ctenopharyngodon idella (ソウギョ) 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6L7B0 |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1089.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Spring viraemia of carp virus (コイ春ウイルス病) 参照: UniProt: Q91DR9*PLUS |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.88 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 42201 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 17.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.79 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4E0R 解像度: 1.74→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 6.272 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.106
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.855 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.74→50 Å
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拘束条件 |
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