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万見
- PDB-5h3x: The structure of the N-terminal of the fibronectin/fibrinogen-bin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h3x
タイトルThe structure of the N-terminal of the fibronectin/fibrinogen-binding protein from Streptococcus suis (FBPS)
要素Fibronectin/fibrinogen binding protein
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / fibronectin-binding property
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal large subunit binding / rescue of stalled ribosome / tRNA binding / 細胞接着
類似検索 - 分子機能
ibrinogen binding protein from staphylococcus aureus fold / ibrinogen binding protein from staphylococcus aureus domain / fibrinogen binding protein from staphylococcus aureus domain like / Ribonuclease HI; Chain A / NFACT protein RNA binding domain / Rqc2 homolog RqcH, bacterial / NFACT, RNA-binding domain / NFACT protein RNA binding domain / NFACT N-terminal and middle domains / Roll ...ibrinogen binding protein from staphylococcus aureus fold / ibrinogen binding protein from staphylococcus aureus domain / fibrinogen binding protein from staphylococcus aureus domain like / Ribonuclease HI; Chain A / NFACT protein RNA binding domain / Rqc2 homolog RqcH, bacterial / NFACT, RNA-binding domain / NFACT protein RNA binding domain / NFACT N-terminal and middle domains / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rqc2 homolog RqcH / Rqc2 homolog RqcH
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus suis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者MokiMusyoki, A. / Qi, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016
タイトル: Structural and functional analysis of an anchorless fibronectin-binding protein FBPS from Gram-positive bacterium Streptococcus suis
著者: Musyoki, A.M. / Shi, Z. / Xuan, C. / Lu, G. / Qi, J. / Gao, F. / Zheng, B. / Zhang, Q. / Li, Y. / Haywood, J. / Liu, C. / Yan, J. / Shi, Y. / Gao, G.F.
履歴
登録2016年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibronectin/fibrinogen binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5971
ポリマ－30,5971
非ポリマー00
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14080 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)70.555, 70.555, 110.183
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Fibronectin/fibrinogen binding protein


分子量: 30597.449 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-268 / 変異: H28N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptococcus suis (バクテリア) / 遺伝子: fbps / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RP86, UniProt: A4VWG9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.11 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Na Citrate (pH 5.6), 20%(w/v) PEG 4,000, 0.2M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 1W2B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 16622 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 29.98
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.512

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.5_2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→33.597 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 23.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2455 791 5.09 %
Rwork0.216 --
obs0.2175 15547 91.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / Bsol: 33.84 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.3498 Å20 Å2-0 Å2
2--4.3498 Å20 Å2
3----8.6995 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→33.597 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2159 0 0 129 2288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132204
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2152980
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.829824
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.112331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008393
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.097-2.22830.28781190.25942100X-RAY DIFFRACTION80
2.2283-2.40040.291380.24852333X-RAY DIFFRACTION89
2.4004-2.64180.30841350.24312391X-RAY DIFFRACTION91
2.6418-3.02390.2571290.24592507X-RAY DIFFRACTION94
3.0239-3.80890.24811410.20972625X-RAY DIFFRACTION97
3.8089-33.60180.19411290.18532800X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.9158 Å / Origin y: 12.7473 Å / Origin z: 10.2025 Å
111213212223313233
T0.2114 Å2-0.0107 Å2-0.0336 Å2-0.1524 Å2-0.0072 Å2--0.1714 Å2
L1.1289 °2-0.4623 °20.1281 °2-0.6414 °20.0469 °2--0.8324 °2
S-0.0742 Å °-0.0494 Å °0.0041 Å °0.0054 Å °0.0637 Å °-0.0192 Å °-0.0794 Å °0.0391 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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