+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5h28 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Osh1 ANK domain from Saccharomyces cerevisia | ||||||
![]() | Oxysterol-binding protein homolog 1 | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() Synthesis of bile acids and bile salts / nucleus-vacuole junction / sterol transfer activity / Golgi trans cisterna / sterol transport / : / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Im, Y.J. / Manik, M.K. / Yang, H.S. / Tong, J.S. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Yeast OSBP-Related Protein Osh1 Reveals Key Determinants for Lipid Transport and Protein Targeting at the Nucleus-Vacuole Junction 著者: Manik, M.K. / Yang, H. / Tong, J. / Im, Y.J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 51.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30046.475 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 12-274 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SWH1, OSH1, YAR042W, YAR044W / プラスミド: modified pHIS-2 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.97 % |
---|---|
結晶化![]() | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES-NaOH pH 7.0, 20% PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月5日 / 詳細: focusing mirror |
放射 | モノクロメーター: Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 80061 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 13.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 31.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 99 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | Bsol: 52.4845 Å2 / ksol: 0.37765 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.3 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.5→24.55 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|