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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gw9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of C163, a backbone circularized G-CSF | ||||||
要素 | Granulocyte colony-stimulating factor顆粒球コロニー刺激因子 | ||||||
キーワード | CYTOKINE (サイトカイン) / four-helix bundle (ヘリックスバンドル) / backbone circulatization | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 granulocyte colony-stimulating factor receptor binding / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of myeloid cell differentiation / granulocyte differentiation / regulation of actin filament organization / Other interleukin signaling / positive regulation of actin filament polymerization / cellular response to cytokine stimulus / Interleukin-10 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) ...granulocyte colony-stimulating factor receptor binding / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of myeloid cell differentiation / granulocyte differentiation / regulation of actin filament organization / Other interleukin signaling / positive regulation of actin filament polymerization / cellular response to cytokine stimulus / Interleukin-10 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / endocytic vesicle lumen / lysosomal lumen / cytokine activity / growth factor activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / response to ethanol / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / 免疫応答 / positive regulation of cell population proliferation / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Miyafusa, T. / Honda, S. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018 タイトル: Structural insights into the backbone-circularized granulocyte colony-stimulating factor containing a short connector. 著者: Miyafusa, T. / Shibuya, R. / Honda, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gw9.cif.gz | 279.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gw9.ent.gz | 228.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gw9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/5gw9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/5gw9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2d9qS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17596.252 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 40-202 / 変異: P40S, C47S, A205G / 由来タイプ: 組換発現 詳細: 1st Ser and 173rd Gly are connected with a peptide bond. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF3, C17orf33, GCSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09919 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.4M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 89146 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 35.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.693 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2D9Q 解像度: 1.65→34.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 4.043 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.096 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.453 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.65→34.08 Å
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拘束条件 |
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