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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gqj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Cypovirus Polyhedra mutant with deletion of Ser193 and Ala194 | ||||||
要素 | Polyhedrin | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / In vivo protein crystal (In vivo) / Polyhedra (多面体) | ||||||
機能・相同性 | Cypovirus polyhedrin, Cypovirus 1 type / Cypovirus polyhedrin protein / viral occlusion body / host cell cytoplasm / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / Polyhedrin 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Abe, S. / Tabe, H. / Ijiri, H. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Mori, H. / Ueno, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: ACS Nano / 年: 2017 タイトル: Crystal Engineering of Self-Assembled Porous Protein Materials in Living Cells 著者: Abe, S. / Tabe, H. / Ijiri, H. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Atsumi, K. / Shimoi, T. / Akai, M. / Mori, H. / Kitagawa, S. / Ueno, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gqj.cif.gz | 71.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gqj.ent.gz | 51 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gqj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/5gqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/5gqj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 12||||||||
単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 28229.158 Da / 分子数: 1 / 変異: 193S,194A deletion / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P11041 |
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-非ポリマー , 6種, 140分子
#2: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ATP / | #5: 化合物 | ChemComp-CTP / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.87 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: in cell / 詳細: In vivo crystallization |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 29249 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.3 % / Net I/σ(I): 7.99 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0135 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2OH6 解像度: 1.5→42.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.881 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.295 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.5→42.07 Å
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拘束条件 |
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