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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gnv | ||||||||||||
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タイトル | Structure of PSD-95/MAP1A complex reveals unique target recognition mode of MAGUK GK domain | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / binding-induced folding | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 primary dendrite / dendritic microtubule / regulation of microtubule depolymerization / retrograde axonal protein transport / negative regulation of protein localization to microtubule / RHO GTPases activate CIT / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neuronal ion channel clustering / P2Y1 nucleotide receptor binding / Neurexins and neuroligins ...primary dendrite / dendritic microtubule / regulation of microtubule depolymerization / retrograde axonal protein transport / negative regulation of protein localization to microtubule / RHO GTPases activate CIT / positive regulation of AMPA glutamate receptor clustering / neuronal ion channel clustering / P2Y1 nucleotide receptor binding / Neurexins and neuroligins / beta-1 adrenergic receptor binding / anterograde axonal protein transport / 胚 / neuroligin family protein binding / structural constituent of postsynaptic density / proximal dendrite / positive regulation of neuron projection arborization / regulation of grooming behavior / synaptic vesicle maturation / axon initial segment / receptor localization to synapse / voluntary musculoskeletal movement / cerebellar mossy fiber / cellular response to potassium ion / protein localization to synapse / vocalization behavior / cytoskeletal anchor activity / LGI-ADAM interactions / neuron spine / Trafficking of AMPA receptors / 樹状突起 / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of microtubule depolymerization / AMPA glutamate receptor clustering / positive regulation of protein localization to cell surface / juxtaparanode region of axon / photoreceptor cell maintenance / dendritic spine morphogenesis / negative regulation of receptor internalization / frizzled binding / neuron projection terminus / dendritic spine organization / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / acetylcholine receptor binding / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / positive regulation of synapse assembly / Synaptic adhesion-like molecules / RAF/MAP kinase cascade / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of dendrite morphogenesis / regulation of NMDA receptor activity / microtubule associated complex / beta-2 adrenergic receptor binding / positive regulation of protein localization / cortical cytoskeleton / dendrite development / regulation of neuronal synaptic plasticity / locomotory exploration behavior / social behavior / kinesin binding / 学習 / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / AMPA glutamate receptor complex / neuromuscular process controlling balance / excitatory synapse / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / photoreceptor outer segment / D1 dopamine receptor binding / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / axon cytoplasm / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / collagen binding / ionotropic glutamate receptor binding / neuron projection maintenance / dendrite cytoplasm / tubulin binding / 軸索誘導 / dendritic shaft / synaptic membrane / cell periphery / PDZ domain binding / sensory perception of sound / postsynaptic density membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / regulation of synaptic plasticity / neuromuscular junction / establishment of protein localization / cerebral cortex development / 記憶 / kinase binding / microtubule cytoskeleton organization / 細胞接着 / neuron cellular homeostasis / cell-cell junction / シナプス小胞 / 細胞結合 / actin binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.596 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Shang, Y. / Xia, Y. / Zhu, R. / Zhu, J. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2017 タイトル: Structure of the PSD-95/MAP1A complex reveals a unique target recognition mode of the MAGUK GK domain 著者: Xia, Y. / Shang, Y. / Zhang, R. / Zhu, J. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gnv.cif.gz | 54.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gnv.ent.gz | 38.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gnv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/5gnv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/5gnv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21690.418 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 531-713 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Dlg4, Dlgh4, Psd95 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31016 | ||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2798.969 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1866-1891 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9QYR6 | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.66 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5 and 25%(w/v) polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97928 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97928 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 9354 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 31.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.596→40.089 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.49 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.596→40.089 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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