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Yorodumi- PDB-5gm2: Crystal structure of methyltransferase TleD complexed with SAH an... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5gm2 | ||||||
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Title | Crystal structure of methyltransferase TleD complexed with SAH and teleocidin A1 | ||||||
Components | O-methylransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / TleD / Teleocidin / methyltransferases / terpene cyclization | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptomyces blastmyceticus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Yu, F. / Li, M.J. / Xu, C.Y. / Zhou, H. / Sun, B. / Wang, Z.J. / Xu, Q. / Xie, M.Y. / Zuo, G. / Huang, P. ...Yu, F. / Li, M.J. / Xu, C.Y. / Zhou, H. / Sun, B. / Wang, Z.J. / Xu, Q. / Xie, M.Y. / Zuo, G. / Huang, P. / Wang, Q.S. / He, J.H. | ||||||
Citation | Journal: Biochem.J. / Year: 2016 Title: Crystal structure and enantioselectivity of terpene cyclization in SAM-dependent methyltransferase TleD Authors: Yu, F. / Li, M.J. / Xu, C.Y. / Sun, B. / Zhou, H. / Wang, Z.J. / Xu, Q. / Xie, M.Y. / Zuo, G. / Huang, P. / Guo, H. / Wang, Q.S. / He, J.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5gm2.cif.gz | 1.9 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5gm2.ent.gz | 1.6 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5gm2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5gm2_validation.pdf.gz | 10.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5gm2_full_validation.pdf.gz | 10.7 MB | Display | |
Data in XML | 5gm2_validation.xml.gz | 179.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5gm2_validation.cif.gz | 224.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/5gm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/5gm2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32823.102 Da / Num. of mol.: 18 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces blastmyceticus (bacteria) / Gene: tleD / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A077K7L1 #2: Chemical | ChemComp-SAH / #3: Chemical | ChemComp-TEX / ( #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 100 mM Tris-HCl, 18% PEG400, 14% PEG3350, 100 mM MgCl2, 2mM TCEP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.97915 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 7, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→153.95 Å / Num. obs: 146088 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 4.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 16.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.95 Å / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / CC1/2: 0.846 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8→153.95 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.09
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→153.95 Å
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Refine LS restraints |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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