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- PDB-5gkg: Structure of EndoMS-dsDNA1'' complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gkg
タイトルStructure of EndoMS-dsDNA1'' complex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*GP*TP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*G)-3')
  • Endonuclease EndoMS
キーワードHYDROLASE/DNA / ENDONUCLEASES (エンドヌクレアーゼ) / DNA-BINDING / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Endonuclease NucS N-terminal PH-like domain / Endonuclease NucS / Endonuclease NucS C-terminal domain / tRNA endonuclease-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Endonuclease NucS
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Nakae, S. / Hijikata, A. / Tsuji, T. / Yonezawa, K. / Kouyama, K. / Mayanagi, K. / Ishino, S. / Ishino, Y. / Shirai, T.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and DevelopmentDrug Discovery and Life Science Research(Platform for Drug Discovery, Informatics and Structural Life Science) 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology25280109 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology26242075 日本
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structure of the EndoMS-DNA Complex as Mismatch Restriction Endonuclease
著者: Nakae, S. / Hijikata, A. / Tsuji, T. / Yonezawa, K. / Kouyama, K.I. / Mayanagi, K. / Ishino, S. / Ishino, Y. / Shirai, T.
履歴
登録2016年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease EndoMS
B: Endonuclease EndoMS
C: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*GP*TP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,05711
ポリマ－66,4174
非ポリマー6397
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14050 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area22620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.420, 92.420, 405.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Endonuclease EndoMS / Endonuclease NucS


分子量: 28598.096 Da / 分子数: 2 / 変異: D165A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌)
株: KOD1 / 遺伝子: TK1898 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5JER9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*GP*TP*CP*C)-3')


分子量: 4545.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*G)-3')


分子量: 4675.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 88分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: CALCIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, PEG8000, GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 30062 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 1.8 % / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 9.4 / % possible all: 88.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
MOSFLMデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BSL

5bsl
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.6→24.81 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 1519 5.07 %
Rwork0.168 --
obs0.171 29954 91.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→24.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3800 612 42 81 4535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015265
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3167360
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.9392122
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048835
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007734
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6002-2.6840.31291260.20292430X-RAY DIFFRACTION89
2.684-2.77980.32431520.2072461X-RAY DIFFRACTION90
2.7798-2.8910.29451410.19722520X-RAY DIFFRACTION91
2.891-3.02230.23721310.20052555X-RAY DIFFRACTION93
3.0223-3.18140.27851330.18152580X-RAY DIFFRACTION92
3.1814-3.38030.23321390.16322600X-RAY DIFFRACTION94
3.3803-3.64050.21841240.15732624X-RAY DIFFRACTION93
3.6405-4.00550.22341580.15832590X-RAY DIFFRACTION92
4.0055-4.58190.18681530.13642640X-RAY DIFFRACTION93
4.5819-5.76080.20151380.1472698X-RAY DIFFRACTION92
5.7608-24.81340.21921240.19252737X-RAY DIFFRACTION87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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