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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gio | ||||||
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タイトル | Crystal structure of box C/D RNP with 12 nt guide regions and 13 nt substrates | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/RNA / 2'-O-methylation / guide RNA / RNP / TRANSFERASE-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H2AQ104 methyltransferase activity / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / rRNA methyltransferase activity / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / box C/D methylation guide snoRNP complex / rRNA methylation / tRNA processing / snoRNA binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの ...histone H2AQ104 methyltransferase activity / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / rRNA methyltransferase activity / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / box C/D methylation guide snoRNP complex / rRNA methylation / tRNA processing / snoRNA binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / small-subunit processome / リボソーム生合成 / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / RNA binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sulfolobus solfataricus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.604 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, Z. / Lin, J. / Ye, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016 タイトル: Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates 著者: Yang, Z. / Lin, J. / Ye, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gio.cif.gz | 505.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gio.ent.gz | 406.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gio.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/5gio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/5gio | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 9分子 ABKCDLEFM
#1: タンパク質 | 分子量: 44168.531 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 3-379 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: SULA_1947, SULB_1948, SULC_1946 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E3MJI1, UniProt: Q97ZH3*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 14075.301 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 3-127 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: rpl7ae, SULA_1106, SULB_1107, SULC_1105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E3JZF7, UniProt: P55858*PLUS #3: タンパク質 | 分子量: 26439.375 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 3-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) 遺伝子: flpA, SSOP1_0970, SULA_1948, SULB_1949, SULC_1947 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0E3JUC9, UniProt: P58032*PLUS, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
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-RNA鎖 , 2種, 6分子 GHNIJO
#4: RNA鎖 | 分子量: 12852.657 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Sulfolobus solfataricus (古細菌) #5: RNA鎖 | 分子量: 4181.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Sulfolobus solfataricus (古細菌) |
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-非ポリマー , 1種, 3分子
#6: 化合物 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.45 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 2.0M ammonium sulfate, 2%(v/v) PEG400, 10mM magnesium chloride, 0.1M HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9789 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.6→20 Å / Num. obs: 49349 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.6→3.66 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3PLA 解像度: 3.604→19.957 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 30.15
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.604→19.957 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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