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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gi6 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Drosophila melanogaster Dopamine N-Acetyltransferase Bound to CoA and Phenylethylamine | ||||||
要素 | Dopamine N-acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Dopamine N-acetyltransferase(Dat) / GCN5-related N-acetyltransferase(GNAT) / Arylalkylamine N-acetyltransferase(AANAT) / Order bi-bi sequential mechanism | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chitin-based cuticle sclerotization / serotonin catabolic process / octopamine catabolic process / aralkylamine N-acetyltransferase / melatonin biosynthetic process / aralkylamine N-acetyltransferase activity / arylamine N-acetyltransferase activity / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / catecholamine metabolic process / dopamine catabolic process ...chitin-based cuticle sclerotization / serotonin catabolic process / octopamine catabolic process / aralkylamine N-acetyltransferase / melatonin biosynthetic process / aralkylamine N-acetyltransferase activity / arylamine N-acetyltransferase activity / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / catecholamine metabolic process / dopamine catabolic process / 睡眠 / N-acetyltransferase activity / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, Y.C. / Cheng, H.C. / Lyu, P.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure of Drosophila melanogaster Dopamine N-Acetyltransferase Bound to CoA and Phenylethylamine 著者: Yang, Y.C. / Cheng, H.C. / Lyu, P.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gi6.cif.gz | 107.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gi6.ent.gz | 80 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gi6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/5gi6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/5gi6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24442.049 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 56-265 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Dat, NAT1, CG3318 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q94521, aralkylamine N-acetyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-PEA / |
#3: 化合物 | ChemComp-COA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.94 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.0M NaH2PO4/1.6M K2HPO4, 0.1M Imidazole, 0.2M NaCl / PH範囲: 6.5-7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月29日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 26434 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 23.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/av σ(I): 31.628 / Net I/σ(I): 12.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→25.288 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.7
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 109.42 Å2 / Biso mean: 33.11 Å2 / Biso min: 15.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.65→25.288 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 1.7848 Å / Origin y: -19.1016 Å / Origin z: -8.9811 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |