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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fht | ||||||
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タイトル | HtrA2 protease mutant V226K | ||||||
要素 | Serine protease HTRA2, mitochondrial | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / APOPTOSIS (アポトーシス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HtrA2 peptidase / pentacyclic triterpenoid metabolic process / negative regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / regulation of autophagy of mitochondrion / ceramide metabolic process / CD40 receptor complex / : / プログラム細胞死 / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand ...HtrA2 peptidase / pentacyclic triterpenoid metabolic process / negative regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / regulation of autophagy of mitochondrion / ceramide metabolic process / CD40 receptor complex / : / プログラム細胞死 / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / serine-type endopeptidase complex / adult walking behavior / response to herbicide / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / execution phase of apoptosis / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / protein autoprocessing / negative regulation of cell cycle / regulation of multicellular organism growth / neuron development / cellular response to interferon-beta / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to retinoic acid / forebrain development / serine-type peptidase activity / mitochondrion organization / ミトコンドリア / protein catabolic process / ミトコンドリア / cytoplasmic side of plasma membrane / cellular response to growth factor stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / unfolded protein binding / cellular response to oxidative stress / cellular response to heat / peptidase activity / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / 細胞骨格 / positive regulation of apoptotic process / serine-type endopeptidase activity / クロマチン / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / ミトコンドリア / タンパク質分解 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Golik, P. / Dubin, G. / Zurawa-Janicka, D. / Lipinska, B. / Jarzab, M. / Wenta, T. / Gieldon, A. / Ciarkowski, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2016 タイトル: Distinct 3D Architecture and Dynamics of the Human HtrA2(Omi) Protease and Its Mutated Variants. 著者: Gieldon, A. / Zurawa-Janicka, D. / Jarzab, M. / Wenta, T. / Golik, P. / Dubin, G. / Lipinska, B. / Ciarkowski, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5fht.cif.gz | 132.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5fht.ent.gz | 102.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5fht.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/5fht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/5fht | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1lcyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 36234.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTRA2, OMI, PRSS25 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O43464, HtrA2 peptidase |
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-非ポリマー , 5種, 204分子
#2: 化合物 | ChemComp-MES / |
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#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 化合物 | ChemComp-K / |
#5: 化合物 | ChemComp-NA / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MES, NaCl, KH2PO4, NaH2PO4 / PH範囲: 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年12月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→14.57 Å / Num. obs: 25396 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.95 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.405 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: poly-alanine model of 1LCY 解像度: 1.95→14.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 5.865 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.372 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→14.57 Å
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拘束条件 |
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