+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5fau | ||||||
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Title | wild-type choline TMA lyase in complex with choline | ||||||
Components | Choline trimethylamine-lyase | ||||||
Keywords | LYASE / radical / barrel | ||||||
Function / homology | Function and homology information choline trimethylamine-lyase / carbon-nitrogen lyase activity / choline catabolic process / choline binding / protein homodimerization activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Desulfovibrio alaskensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Funk, M.A. / Drennan, C.L. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Cell Chem Biol / Year: 2016 Title: Molecular Basis of C-N Bond Cleavage by the Glycyl Radical Enzyme Choline Trimethylamine-Lyase. Authors: Bodea, S. / Funk, M.A. / Balskus, E.P. / Drennan, C.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5fau.cif.gz | 1.8 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5fau.ent.gz | 1.5 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5fau.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/5fau ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/5fau | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5favC 5fawC 5fayC 5kdpC 1r8wS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | by size exclusion chromatography |
-Components
#1: Protein | Mass: 95002.961 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Desulfovibrio alaskensis (strain G20) (bacteria) Strain: G20 / Gene: Dde_3282 / Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q30W70, choline trimethylamine-lyase #2: Chemical | ChemComp-CHT / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion / pH: 8 Details: 20% (v/v) glycerol, 25% (w/v) PEG 8000, 0.5 M lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.0; 10 mM choline was included in cryoprotectant |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 21, 2013 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 282449 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 6.7 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 12.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.986 / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / % possible all: 99.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1R8W Resolution: 1.9→50 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 17.08 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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