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- PDB-5f9z: Crystal Structure of Prolyl-tRNA Synthetase from Cryptosporidium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f9z
タイトルCrystal Structure of Prolyl-tRNA Synthetase from Cryptosporidium parvum complexed with Halofuginone and AMPPNP
要素Aminoacyl-tRNA synthetaseアミノアシルtRNA合成酵素
キーワードLIGASE (リガーゼ) / SSGCID / prolyl-tRNA ligase / Cryptosporidium parvum / ATP binding (アデノシン三リン酸) / aminoacylation / halofuginone / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / ProRS
機能・相同性
機能・相同性情報


プロリンtRNAリガーゼ / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
C-terminal domain of ProRS / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type ...C-terminal domain of ProRS / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Translation Initiation Factor IF3 / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Chem-HFG / proline--tRNA ligase / Proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Prolyl-tRNA Synthetase from Cryptosporidium parvum complexed with Halofuginone and AMPPNP
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Dranow, D.M. / Fox III, D. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2015年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoacyl-tRNA synthetase
B: Aminoacyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,73711
ポリマ－118,6242
非ポリマー2,1139
水7,855436
1
A: Aminoacyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3235
ポリマ－59,3121
非ポリマー1,0114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aminoacyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4156
ポリマ－59,3121
非ポリマー1,1035
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6480 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area37280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.400, 108.720, 126.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aminoacyl-tRNA synthetase / アミノアシルtRNA合成酵素


分子量: 59312.008 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 186-688 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
遺伝子: 1MB.635 / プラスミド: CrpaA.18681.a.B3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7YZ69, UniProt: A0A7G2HJF2*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 445分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-HFG / 7-bromo-6-chloro-3-{3-[(2R,3S)-3-hydroxypiperidin-2-yl]-2-oxopropyl}quinazolin-4(3H)-one / Halofuginone / (+)-ハロフギノン / Halofuginone


分子量: 414.681 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17BrClN3O3 / コメント: alkaloid, 薬剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.48 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: CrpaA.18681.a.B3.PW37711 at 21.5 mg/mlprotein was incubated with 4 mM MgCl2, halofuginone, and AMPPNP, then mixed 1:1 with Top96(a5):0.1 M HEPES:NaOH, pH = 7.5, 20% (w/v) PEG-4000, 10% (v/v) ...詳細: CrpaA.18681.a.B3.PW37711 at 21.5 mg/mlprotein was incubated with 4 mM MgCl2, halofuginone, and AMPPNP, then mixed 1:1 with Top96(a5):0.1 M HEPES:NaOH, pH = 7.5, 20% (w/v) PEG-4000, 10% (v/v) 2-propanol, harvested with 20% ethylene glycol4 mM MgCl2, halofuginone, and AMPPNP, then mixed 1:1 with Top96(a5):0.1 M HEPES:NaOH, pH = 7.5, 20% (w/v) PEG-4000, 10% (v/v) 2-propanol, harvested with 20% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月9日
放射モノクロメーター: Rigaku Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 48156 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 31.54 Å2 / Rmerge F obs: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rrim(I) all: 0.119 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 11.07 / Num. measured all: 205387
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.4-2.463.70.8370.5732.612774358134200.66295.5
2.46-2.530.8540.4883.112766350533690.56296.1
2.53-2.60.890.4383.3912697335732710.50397.4
2.6-2.680.9120.3713.9412667328532300.42798.3
2.68-2.770.9360.3114.6712799319031610.35699.1
2.77-2.870.9560.2645.3212856312530970.30199.1
2.87-2.980.9650.2226.2112517296829480.25399.3
2.98-3.10.9720.1937.2512534288328560.21999.1
3.1-3.240.9830.1539.3512169273727130.17399.1
3.24-3.390.9890.12711.5512062266426310.14398.8
3.39-3.580.9920.10314.6911309252224860.11798.6
3.58-3.790.9930.08318.2510624239423570.09498.5
3.79-4.060.9950.07918.3510075226322390.0998.9
4.06-4.380.9960.06621.129332210920930.07599.2
4.38-4.80.9970.05624.198574193619120.06398.8
4.8-5.370.9970.05922.588199177817660.06799.3
5.37-6.20.9960.06719.317437157915700.07599.4
6.2-7.590.9970.05621.056386135213490.06399.8
7.59-10.730.9990.03129.934972107010690.03599.9
10.73-500.9990.02536.326386496190.02995.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_2219精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5F9Y

5f9y


解像度: 2.4→46.611 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2341 2063 4.29 %
Rwork0.2075 46026 -
obs0.2087 48089 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.41 Å2 / Biso mean: 37.0439 Å2 / Biso min: 15.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→46.611 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7719 0 120 436 8275
Biso mean--33.15 36.97 -
残基数----981
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028065
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48610968
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441214
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0554793
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.45580.30751350.27862947308295
2.4558-2.51720.29411340.25052958309296
2.5172-2.58520.24531450.25682952309797
2.5852-2.66130.28531310.24833041317298
2.6613-2.74720.27971270.24063060318799
2.7472-2.84540.25031350.24993040317599
2.8454-2.95930.29471410.2443076321799
2.9593-3.09390.28291300.2463094322499
3.0939-3.2570.27621410.22763062320399
3.257-3.4610.22241150.21573064317998
3.461-3.72810.2321440.19853075321999
3.7281-4.10310.21051320.18563109324199
4.1031-4.69640.18291410.16223121326299
4.6964-5.9150.19731500.16563142329299
5.915-46.61980.20781620.18753285344799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.47320.89081.823.9424-1.5062.5110.0833-0.37360.38630.6319-0.0627-0.2604-0.4348-0.14870.00110.2214-0.02610.0080.2997-0.04060.305628.448623.891536.8933
21.2131-0.48450.0291.00010.82511.61570.04920.21130.1588-0.18050.0697-0.0592-0.1472-0.0072-0.11650.2382-0.0210.04080.1870.03440.169715.415712.040815.7209
30.8835-0.29270.0011.3220.17541.43770.00840.20650.127-0.2861-0.0002-0.0691-0.10950.0997-0.01570.2464-0.02140.03650.21160.04670.175314.447119.21089.7887
40.95960.2974-0.68962.1042-1.55342.88170.0016-0.1050.10530.03310.0961-0.1567-0.1874-0.0191-0.07960.18240.0056-0.01620.1918-0.06870.231313.922128.482535.4517
51.5806-0.36770.62241.7099-0.08721.80720.13660.2833-0.1513-0.3548-0.05840.05630.0175-0.0214-0.0760.16180.0110.01960.1835-0.02630.212111.0632-6.308210.64
62.8838-0.0591-0.18842.4122-0.03283.78010.07690.1248-0.0718-0.11020.057-0.5580.28290.7491-0.08640.26140.04130.01670.4312-0.03650.404235.61542.483420.0428
71.26230.10850.53051.0254-0.07181.10740.03410.0651-0.058-0.05350.07420.00960.03990.073-0.10850.20090.03560.03190.17790.01010.139811.7851-6.869420.7523
82.7811-1.33590.45622.0953-0.18920.7710.19970.0594-0.6436-0.14980.0067-0.14330.38340.1912-0.20320.38970.0921-0.07560.2681-0.0430.444919.8382-29.615621.7913
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 179 through 229 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 230 through 279 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 280 through 464 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 465 through 688 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 191 through 250 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 251 through 287 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 288 through 574 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 575 through 688 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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