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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5f7k | ||||||||||||||||||
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タイトル | Blood group antigen binding adhesin BabA of Helicobacter pylori strain 17875 in complex with Nanobody Nb-ER19 | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / Adhesin / Lectin (レクチン) / Nanobody (ナノボディ) / Complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SabA, N-terminal extracellular adhesion domain / SabA N-terminal extracellular adhesion domain / Outer membrane protein, Helicobacter / Helicobacter outer membrane protein / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||||||||||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) Lama glama (ラマ) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Moonens, K. / Gideonsson, P. / Subedi, S. / Romao, E. / Oscarson, S. / Muyldermans, S. / Boren, T. / Remaut, H. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ベルギー, スウェーデン, 5件
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引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2016 タイトル: Structural Insights into Polymorphic ABO Glycan Binding by Helicobacter pylori. 著者: Moonens, K. / Gideonsson, P. / Subedi, S. / Bugaytsova, J. / Romao, E. / Mendez, M. / Norden, J. / Fallah, M. / Rakhimova, L. / Shevtsova, A. / Lahmann, M. / Castaldo, G. / Brannstrom, K. / ...著者: Moonens, K. / Gideonsson, P. / Subedi, S. / Bugaytsova, J. / Romao, E. / Mendez, M. / Norden, J. / Fallah, M. / Rakhimova, L. / Shevtsova, A. / Lahmann, M. / Castaldo, G. / Brannstrom, K. / Coppens, F. / Lo, A.W. / Ny, T. / Solnick, J.V. / Vandenbussche, G. / Oscarson, S. / Hammarstrom, L. / Arnqvist, A. / Berg, D.E. / Muyldermans, S. / Boren, T. / Remaut, H. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5f7k.cif.gz | 419.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5f7k.ent.gz | 352.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5f7k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/5f7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/5f7k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 / 抗体 , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 49369.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: babA2 / Variant: 17875 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: O52269 #2: 抗体 | 分子量: 13260.856 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): WK6 |
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-非ポリマー , 4種, 484分子
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
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#4: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#5: 化合物 | ChemComp-NA / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M sodium nitrate, 0.1M Bis Tris propane pH 6.5, 20% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.17→58.04 Å / Num. obs: 85215 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 40.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 15.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.17→2.23 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.17→58.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 8.463 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.385 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.17→58.04 Å
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拘束条件 |
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