PDB-5f06: Crystal structure of glutathione transferase F7 from Populus tric...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f06

タイトル

Crystal structure of glutathione transferase F7 from Populus trichocarpa

要素

Glutathione S-transferase family protein

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

glutathione (グルタチオン) /

ligandin (グルタチオン-S-トランスフェラーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione binding /

グルタチオン-S-トランスフェラーゼ /

glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / response to toxic substance /

細胞質基質 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Populus trichocarpa (ブラックコットンウッド（ポプラ）)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Didierjean, C. / Rouhier, N. / Pegeot, H. / Gense, F.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Structural plasticity among glutathione transferase Phi members: natural combination of catalytic residues confers dual biochemical activities.
著者: Pegeot, H. / Mathiot, S. / Perrot, T. / Gense, F. / Hecker, A. / Didierjean, C. / Rouhier, N.

履歴

登録	2015年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2017年8月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f06.cif.gz	275.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f06.ent.gz	225.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f06.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/5f06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/5f06	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ey6C 5f05C 5f07C 4ri6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pnf-2 5f05-1 4ri6-d 1bye-1 3gh6-1 6f05-1 1jlw-d 6f01-d 6n69-d 3ee2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (10) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase family protein

B: Glutathione S-transferase family protein

ヘテロ分子

49.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.104, 90.365, 97.149
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase family protein 分子量: 24498.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Populus trichocarpa (ブラックコットンウッド（ポプラ）) 遺伝子: POPTR_0002s20900g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U5GTL0
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 756 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: 16% PEG 4000, 10% 2-propanol, Na Hepes pH 7.5, 0.2 AS

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979769 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979769 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→48.57 Å / Num. obs: 50544 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 1.73→1.82 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.664 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4RI6

4ri6

解像度: 1.8→46.42 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2121	2245	5.04 %	Random selection
R_work	0.179	-	-	-
obs	0.1807	44559	99.26 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3406	0	45	756	4207

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3634
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.861	4952
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.617	1365
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	538
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	641

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8391	0.233	154	0.204	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8391-1.8819	0.2627	146	0.2112	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8819-1.929	0.4013	131	0.3622	2506	X-RAY DIFFRACTION	96
1.929-1.9811	0.243	133	0.2173	2599	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9811-2.0394	0.2253	133	0.179	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0394-2.1053	0.2318	153	0.1782	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1053-2.1805	0.202	147	0.1777	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1805-2.2678	0.3243	124	0.2773	2540	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2678-2.371	0.2463	127	0.1817	2622	X-RAY DIFFRACTION	98
2.371-2.496	0.1922	137	0.162	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.496-2.6524	0.1792	137	0.1553	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6524-2.8572	0.2025	126	0.155	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8572-3.1446	0.1807	169	0.1651	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1446-3.5995	0.1723	139	0.1561	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5995-4.5344	0.1646	134	0.1438	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5344-46.4353	0.2108	155	0.169	2850	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.498	1.5847	-0.5939	3.0913	0.3544	1.9379	-0.0191	0.0706	0.0407	-0.01	0.0163	0.1103	-0.0637	-0.0589	0.0216	0.077	0.0356	0.0022	0.0676	0.0033	0.0614	-13.0407	24.0706	-9.0656
2	3.1029	0.9841	-0.5052	3.113	-0.7784	1.0073	0.0221	0.0664	0.0708	0.0567	-0.0044	-0.0183	-0.1721	0.1008	-0.0426	0.104	-0.0084	-0.0128	0.0664	-0.0192	0.0667	0.522	23.2898	-8.299
3	5.4913	-2.4766	-2.9016	3.7875	4.3997	7.3144	0.001	-0.2742	-0.1655	0.1177	-0.0156	0.1444	0.2479	-0.0232	0.0261	0.091	-0.0048	0.0031	0.0732	0.0055	0.084	-12.3435	14.285	-4.0052
4	0.5782	1.9758	0.6422	7.2534	2.3224	0.7541	0.1185	-0.0431	-0.0341	0.7316	-0.2249	0.5449	0.171	-0.1929	0.1612	0.1415	-0.0334	0.0689	0.166	-0.0239	0.1912	-23.4152	10.7442	-2.0233
5	5.3259	-0.6685	-3.3028	2.4487	0.0967	7.1094	-0.185	-0.021	-0.3485	0.1447	-0.0761	0.1671	0.1609	-0.1526	0.2085	0.0812	0.0001	-0.0016	0.0758	-0.0412	0.1281	-16.3396	2.4834	-11.3564
6	3.7001	3.6197	-3.4237	7.5281	-4.8121	4.9993	-0.0503	0.0904	0.0446	-0.0107	-0.0746	-0.4449	-0.1867	0.016	0.0474	0.1067	-0.0014	0.0033	0.0945	-0.02	0.1102	-4.5679	16.7025	-28.418
7	7.0559	4.2251	-3.4631	5.0614	-1.8628	3.2219	-0.156	0.2944	-0.3238	-0.2536	0.0344	-0.1576	0.2217	-0.1011	0.1727	0.1223	0.0181	-0.0268	0.1182	-0.0345	0.0895	-14.0711	5.0095	-29.4264
8	1.7215	1.8213	-0.5395	2.8555	0.6197	1.7416	-0.1413	0.0004	0.0602	0.0915	-0.1911	0.4066	-0.0005	-0.423	0.0452	0.0665	-0.0062	-0.005	0.2023	-0.0601	0.1923	-26.0502	6.5376	-14.6062
9	1.0492	0.3546	-0.1972	0.6538	-0.3261	2.5625	-0.0591	0.1094	0.0672	-0.1544	-0.0669	0.142	-0.1281	-0.2584	0.1215	0.1056	0.0245	-0.0307	0.1194	-0.0317	0.1114	-19.6717	13.8175	-24.9099
10	8.7912	3.5062	-3.5294	8.1506	-2.464	8.2066	0.0896	0.3836	1.2761	-0.2604	-0.3391	0.4099	-1.1883	-0.1915	-0.0273	0.277	0.0891	-0.1009	0.1985	0.0141	0.2519	-19.9598	25.5331	-18.2627
11	1.9715	0.0778	1.5553	2.9616	0.3943	3.2952	0.0641	0.0256	-0.189	-0.0141	-0.0387	0.217	0.2224	-0.1662	-0.0302	0.1134	-0.0326	0.0216	0.0858	-0.0213	0.1478	-10.4132	-11.8424	-11.8963
12	0.9534	1.1472	0.0822	1.8154	-0.7421	1.3825	0.1176	-0.1632	0.108	0.4691	-0.092	0.1381	-0.0466	-0.151	-0.0224	0.1542	0.0075	0.0385	0.1126	-0.006	0.0925	-6.9698	3.2104	-0.4316
13	0.8052	-1.6132	-1.8403	7.6729	5.8192	5.2175	-0.089	0.09	-0.0794	-0.3244	0.0975	0.1464	0.0786	0.1289	-0.0104	0.1323	0.0147	-0.0218	0.1316	-0.0366	0.0966	6.1443	-4.2777	-23.4756
14	1.8089	0.3156	-0.3256	2.9265	2.4208	6.1706	-0.1059	0.279	0.0205	-0.3744	0.1561	-0.1246	-0.3535	0.1799	-0.1623	0.1012	-0.0253	0.0062	0.1023	-0.0259	0.127	10.9666	7.5646	-15.9156
15	1.9233	0.2642	-0.2564	1.4986	0.4769	1.5882	-0.0137	0.0429	-0.1444	0.1213	0.1161	-0.2242	0.1416	0.1291	-0.1041	0.0954	0.006	-0.0399	0.072	-0.0166	0.125	9.0938	0.0188	-5.7264
16	2.5727	-0.0605	-0.8653	4.132	3.6368	8.4086	-0.1053	0.0972	-0.8581	0.2534	0.1358	-0.2771	0.8877	0.3097	-0.051	0.1975	0.0186	-0.0627	0.1423	-0.0057	0.3012	5.1745	-13.3462	-5.3416

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 66 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 67 through 77 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 78 through 90 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 91 through 106 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 107 through 130 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 131 through 154 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 155 through 164 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 165 through 201 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 202 through 214 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 2 through 66 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 67 through 106 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 107 through 130 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 131 through 153 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 154 through 201 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 202 through 214 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)