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Yorodumi- PDB-5f06: Crystal structure of glutathione transferase F7 from Populus tric... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5f06 | ||||||
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Title | Crystal structure of glutathione transferase F7 from Populus trichocarpa | ||||||
Components | Glutathione S-transferase family protein | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / glutathione / ligandin | ||||||
Function / homology | Function and homology information glutathione binding / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / response to toxic substance / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Populus trichocarpa (black cottonwood) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Didierjean, C. / Rouhier, N. / Pegeot, H. / Gense, F. | ||||||
Funding support | France, 1items
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Citation | Journal: FEBS J. / Year: 2017 Title: Structural plasticity among glutathione transferase Phi members: natural combination of catalytic residues confers dual biochemical activities. Authors: Pegeot, H. / Mathiot, S. / Perrot, T. / Gense, F. / Hecker, A. / Didierjean, C. / Rouhier, N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5f06.cif.gz | 275.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5f06.ent.gz | 225.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5f06.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/5f06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/5f06 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5ey6C 5f05C 5f07C 4ri6S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24498.078 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Populus trichocarpa (black cottonwood) / Gene: POPTR_0002s20900g / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: U5GTL0 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: microbatch / pH: 7.5 Details: 16% PEG 4000, 10% 2-propanol, Na Hepes pH 7.5, 0.2 AS |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM30A / Wavelength: 0.979769 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 17, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979769 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.73→48.57 Å / Num. obs: 50544 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 13.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.73→1.82 Å / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.664 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4RI6 Resolution: 1.8→46.42 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 19.56 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→46.42 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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