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- PDB-5eyv: Crystal Structure of Adenylosuccinate lyase from Schistosoma mans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eyv
タイトルCrystal Structure of Adenylosuccinate lyase from Schistosoma mansoni in APO form.
要素Adenylosuccinate lyaseアデニロコハク酸リアーゼ
キーワードLYASE (リアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


アデニロコハク酸リアーゼ / N6-(1,2-dicarboxyethyl)AMP AMP-lyase (fumarate-forming) activity / (S)-2-(5-amino-1-(5-phospho-D-ribosyl)imidazole-4-carboxamido) succinate lyase (fumarate-forming) activity / 'de novo' AMP biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1570 / Adenylosuccinate lyase C-terminus / Adenylosuccinate lyase C-terminal / Adenylosuccinate lyase C-terminus / アデニロコハク酸リアーゼ / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / リアーゼ ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1570 / Adenylosuccinate lyase C-terminus / Adenylosuccinate lyase C-terminal / Adenylosuccinate lyase C-terminus / アデニロコハク酸リアーゼ / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / リアーゼ / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニロコハク酸リアーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Romanello, L. / Torini, J.R. / Bird, L.E. / Nettleship, J.E. / Owens, R.J. / Reddivari, Y. / Brandao-Neto, J. / Pereira, H.M.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2012/14223-9 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)474402/2013-4 ブラジル
引用ジャーナル: Mol. Biochem. Parasitol. / 年: 2017
タイトル: Structural and kinetic analysis of Schistosoma mansoni Adenylosuccinate Lyase (SmADSL).
著者: Romanello, L. / Serrao, V.H. / Torini, J.R. / Bird, L.E. / Nettleship, J.E. / Rada, H. / Reddivari, Y. / Owens, R.J. / DeMarco, R. / Brandao-Neto, J. / Pereira, H.D.
履歴
登録2015年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22017年4月19日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_assembly_auth_evidence
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylosuccinate lyase
B: Adenylosuccinate lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,1372
ポリマ－113,1372
非ポリマー00
水7,152397
1
A: Adenylosuccinate lyase
B: Adenylosuccinate lyase

A: Adenylosuccinate lyase
B: Adenylosuccinate lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,2744
ポリマ－226,2744
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area26260 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area61280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.160, 82.630, 163.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-593-

HOH

21B-615-

HOH

31B-634-

HOH

詳細Tetramer confirmed by Gel filtration/DLS

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要素

#1: タンパク質 Adenylosuccinate lyase / アデニロコハク酸リアーゼ / ASL / Adenylosuccinase


分子量: 56568.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
遺伝子: Smp_038030 / プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21
参照: UniProt: G4VQX9, アデニロコハク酸リアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Mes/imidazole pH 6.5, 10%, 20% Ethylene glycol, 20mM of each D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→82.63 Å / Num. obs: 57766 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDRejects% possible all
2.14-2.27.10.7431099.9
9.57-82.636.70.0491098.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EYT

5eyt


解像度: 2.14→58.165 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2557 2903 5.03 %Random selection
Rwork0.2224 54827 --
obs0.2241 57730 99.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.72 Å2 / Biso mean: 51.07 Å2 / Biso min: 7.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.14→58.165 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6871 0 0 397 7268
Biso mean---47.63 -
残基数----886
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026993
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4939481
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371117
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031208
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7064264
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.14-2.17510.3091480.285225842732100
2.1751-2.21260.29031360.275225522688100
2.2126-2.25280.28651540.260125792733100
2.2528-2.29620.35471190.260225992718100
2.2962-2.34310.32661350.252525592694100
2.3431-2.3940.30631370.254425862723100
2.394-2.44970.26141240.24426112735100
2.4497-2.5110.24761460.242425802726100
2.511-2.57880.24561270.23725922719100
2.5788-2.65470.24911480.232225692717100
2.6547-2.74040.32121390.244626112750100
2.7404-2.83840.29981120.239526252737100
2.8384-2.9520.28411280.243426252753100
2.952-3.08630.28741460.238525592705100
3.0863-3.2490.23591330.23382575270899
3.249-3.45260.25551590.222426142773100
3.4526-3.71910.22671360.207426162752100
3.7191-4.09330.20981250.198126612786100
4.0933-4.68540.22981830.185626262809100
4.6854-5.90220.23161600.20592665282599
5.9022-58.18630.25971080.2022839294799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.46630.6774-0.59051.2105-0.63521.18910.02190.91951.0018-0.5526-0.6022-0.0283-0.5289-0.0811-0.67880.71470.01610.19590.7361.06821.1337-28.856430.855-54.3698
22.1296-0.03760.10860.6783-0.25831.83930.06310.540.4131-0.1084-0.0233-0.0702-0.29550.1751-0.07030.2668-0.01590.03380.25530.09130.2969-25.183312.0098-37.4645
30.6665-0.3783-0.07481.9058-0.77440.956-0.1756-0.5011-0.26030.40890.1139-0.078-0.00580.05660.0160.32920.0326-0.02270.41740.13080.3623-24.3078-11.65624.4999
42.19360.223-0.98280.61490.35892.1340.0191-0.08990.67420.14830.15760.119-0.4236-0.0438-0.00140.2572-0.0144-0.02230.25240.03570.4678-14.66489.7541-17.7086
52.1242-0.44840.70970.84080.28651.8240.2356-0.1674-1.34030.1029-0.08670.06340.654-0.1836-0.11380.50450.0055-0.01520.29110.0520.9019-17.9987-25.8243-26.7427
62.2296-0.1915-0.46180.3473-0.2341.16360.10670.952-0.2155-0.1304-0.1214-0.1196-0.0015-0.10620.11590.29040.05030.03870.5241-0.08240.2189-22.5287-4.8918-48.0638
71.3156-0.37560.31181.4965-0.55671.9480.17080.83960.0233-0.32750.16650.2346-0.06620.2232-0.21370.44880.01960.08181.2916-0.01110.461-14.84632.4896-68.0683
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 105 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 106 through 356 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 357 through 439 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 440 through 479 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 4 through 105 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 106 through 386 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 387 through 479 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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