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- PDB-5ex5: Crystal structure of human GRP78 (70kDa heat shock protein 5 / BI... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ex5 | ||||||
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Title | Crystal structure of human GRP78 (70kDa heat shock protein 5 / BIP) ATPase domain in complex with 7-deaza-ADP and inorganic phosphate | ||||||
![]() | 78 kDa glucose-regulated protein | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hughes, S.J. / Antoshchenko, T. / Song, J.H. / Pizarro, J. / Park, H.W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs. Authors: Hughes, S.J. / Antoshchenko, T. / Chen, Y. / Lu, H. / Pizarro, J.C. / Park, H.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 319.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 257 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5evzC ![]() 5exwSC ![]() 5ey4C ![]() 5f0xC ![]() 5f1xC ![]() 5f2rC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 44356.090 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: ATPase domain (UNP residues 26-407) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ![]() #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.79 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 24-26% PEG3350, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M sodium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Oct 1, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→40 Å / Num. all: 55831 / Num. obs: 55831 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 4.2 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.134 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 234113 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB entry 5EXW Resolution: 1.9→37.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.2119 / WRfactor Rwork: 0.1685 / FOM work R set: 0.884 / SU B: 6.001 / SU ML: 0.099 / SU R Cruickshank DPI: 0.1628 / SU Rfree: 0.1443 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.144 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.7 Å / Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 87.38 Å2 / Biso mean: 25.438 Å2 / Biso min: 4.67 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→37.87 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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