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Yorodumi- PDB-5es7: Crystal structure of the F-A domains of the LgrA initiation modul... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5es7 | ||||||
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Title | Crystal structure of the F-A domains of the LgrA initiation module soaked with FON, AMPcPP, and valine. | ||||||
Components | Linear gramicidin synthetase subunit A | ||||||
Keywords | LIGASE / NRPS / formylation domain / adenylation domain / initiation module | ||||||
Function / homology | Function and homology information amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / ligase activity / antibiotic biosynthetic process / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Brevibacillus parabrevis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.805 Å | ||||||
Authors | Reimer, J.M. / Aloise, M.N. / Schmeing, T.M. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2016 Title: Synthetic cycle of the initiation module of a formylating nonribosomal peptide synthetase. Authors: Reimer, J.M. / Aloise, M.N. / Harrison, P.M. / Schmeing, T.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5es7.cif.gz | 235.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5es7.ent.gz | 188.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5es7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/5es7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/5es7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5es5C 5es6SC 5es8C 5es9C C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 77583.281 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 2-684 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Brevibacillus parabrevis (bacteria) / Gene: lgrA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q70LM7 |
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#2: Chemical | ChemComp-FON / |
#3: Chemical | ChemComp-VAL / |
#4: Chemical | ChemComp-APC / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.74 Å3/Da / Density % sol: 78.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 2 M Na-formate, 0.1 M Na-Acetate pH 5.3 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 200 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Nov 27, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→50 Å / Num. obs: 42877 / % possible obs: 95.8 % / Redundancy: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 83.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 1.127 / Net I/av σ(I): 30 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 594075 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5ES6 Resolution: 2.805→49.982 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 36.15 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 269.27 Å2 / Biso mean: 110.9844 Å2 / Biso min: 56.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.805→49.982 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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