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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5erq | |||||||||
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Title | Gephyrin E domain at 1.55 angstrom resolution | |||||||||
![]() | Gephyrin![]() | |||||||||
![]() | ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() Molybdenum cofactor biosynthesis / molybdopterin cofactor biosynthetic process / glycine receptor clustering / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kasaragod, V.B. / Schindelin, H. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Structural Framework for Metal Incorporation during Molybdenum Cofactor Biosynthesis. Authors: Kasaragod, V.B. / Schindelin, H. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 267.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 219.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5errC ![]() 5ersC ![]() 5ertC ![]() 5eruC ![]() 5ervC ![]() 4pd0S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 45652.395 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 318-736 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q03555, ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-ACT / ![]() #3: Chemical | ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.62 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 / Details: 0.1 M sodium acetate, 25% MPD / PH range: 4.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 25, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.55→43 Å / Num. obs: 71703 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.58 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.808 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 98.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 4PD0 Resolution: 1.55→40.383 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.53 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→40.383 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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