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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ejq | ||||||
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タイトル | Structure of Dictyostelium Discoideum Myosin VII MyTH4-FERM MF1 domain, mutant 2 | ||||||
要素 | Myosin-I heavy chainミオシン | ||||||
キーワード | MOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / Myosin (ミオシン) / myosin tail / MyTH4-FERM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 発芽 / actin filament-based movement / filopodium tip / filopodium assembly / vesicle transport along actin filament / myosin complex / microfilament motor activity / phagocytic cup / cell-substrate adhesion / cell leading edge ...発芽 / actin filament-based movement / filopodium tip / filopodium assembly / vesicle transport along actin filament / myosin complex / microfilament motor activity / phagocytic cup / cell-substrate adhesion / cell leading edge / cytoskeletal motor activity / 食作用 / filopodium / actin filament organization / cell morphogenesis / : / actin filament binding / マイクロフィラメント / actin binding / 細胞皮質 / microtubule binding / vesicle / ATP binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å | ||||||
データ登録者 | Planelles-Herrero, V.J. / Sirkia, H. / Sourigues, Y. / Titus, M.A. / Houdusse, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016 タイトル: Myosin MyTH4-FERM structures highlight important principles of convergent evolution. 著者: Planelles-Herrero, V.J. / Blanc, F. / Sirigu, S. / Sirkia, H. / Clause, J. / Sourigues, Y. / Johnsrud, D.O. / Amigues, B. / Cecchini, M. / Gilbert, S.P. / Houdusse, A. / Titus, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ejq.cif.gz | 129.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ejq.ent.gz | 96.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ejq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/5ejq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/5ejq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58772.055 Da / 分子数: 1 / 変異: K1181E, R1882E, K1909E, K1912E, K1913E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ) 遺伝子: myoI, DDB_G0274455 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: Q9U1M8 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GLY / |
#3: 化合物 | ChemComp-SER / |
#4: 化合物 | ChemComp-GLU / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.14 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% PEG 20K, 20% PEG 550 MME, 0.1M MOPS pH 7.5, 0.1M HEPES pH 7.5, 20 mM DL-Alanine, 20 mM DL-Glutamic acid, 20 mM Glycine, 20 mM DL-Lysine HCl, 20 mM DL-Serine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97934 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→45.36 Å / Num. obs: 29999 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 8.8 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 18.15 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.32 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 6.14 / % possible all: 99.97 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5EJY 解像度: 2.19→19.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9535 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9345 / SU R Cruickshank DPI: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.299 / SU Rfree Blow DPI: 0.194 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.186
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原子変位パラメータ | Biso max: 119.55 Å2 / Biso mean: 32.61 Å2 / Biso min: 12.29 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.233 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.19→19.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.19→2.27 Å / Total num. of bins used: 15
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