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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5eha | ||||||
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タイトル | Crystal structure of recombinant MtaL at 1.35 Angstrom resolution | ||||||
要素 | Lectin-like fold protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / lectin (レクチン) / tyrosinase (モノフェノールモノオキシゲナーゼ) | ||||||
機能・相同性 | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta / Lectin-like fold protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Agaricus bisporus (セイヨウマツタケ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Lai, X.-L. / Soler-Lopez, M. / Wichers, H.J. / Dijkstra, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016 タイトル: Crystal structure of recombinant tyrosinase-binding protein MtaL at 1.35 angstrom resolution. 著者: Lai, X. / Soler-Lopez, M. / Ismaya, W.T. / Wichers, H.J. / Dijkstra, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5eha.cif.gz | 50 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5eha.ent.gz | 34.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5eha.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/5eha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/5eha | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2y9wS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16942.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Agaricus bisporus (セイヨウマツタケ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G1K3P4 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.52 % / 解説: Rod like |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M bis-tris buffer and 2 M ammonium sulfate / PH範囲: 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→47.01 Å / Num. obs: 41973 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 2.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.42 Å / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2Y9W 解像度: 1.35→47.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 0.814 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.869 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→47.01 Å
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拘束条件 |
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