- PDB-5ee9: Complex structure of OSYCHF1 with GMP-PNP -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 5ee9
タイトル
Complex structure of OSYCHF1 with GMP-PNP
要素
Obg-like ATPase 1
キーワード
HYDROLASE (加水分解酵素) / osychf1 / GTP-BINDING PROTEIN (Gタンパク質) / ATP (アデノシン三リン酸) / AMP-PNP / YchF-type / P-Loop NTPase
機能・相同性
機能・相同性情報
negative regulation of response to salt stress / negative regulation of defense response to bacterium / ribosomal large subunit binding / response to salt stress / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding ...negative regulation of response to salt stress / negative regulation of defense response to bacterium / ribosomal large subunit binding / response to salt stress / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.75→50 Å / Num. all: 24453 / Num. obs: 24080 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.5 % / Net I/σ(I): 12.6
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.6.0117
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
解像度: 2.75→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 14.045 / SU ML: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.26223
1133
4.8 %
RANDOM
Rwork
0.22866
-
-
-
obs
0.23023
22711
97.4 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK