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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5.0E+95 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Mb(NS1)/H-Ras Complex | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN/INHIBITOR / H-Ras / Monobody / Inhibitor / Complex / SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GTPase complex / oncogene-induced cell senescence / positive regulation of ruffle assembly / negative regulation of GTPase activity / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / T-helper 1 type immune response / positive regulation of wound healing / positive regulation of miRNA metabolic process / defense response to protozoan / Signaling by RAS GAP mutants ...GTPase complex / oncogene-induced cell senescence / positive regulation of ruffle assembly / negative regulation of GTPase activity / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / T-helper 1 type immune response / positive regulation of wound healing / positive regulation of miRNA metabolic process / defense response to protozoan / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / positive regulation of protein targeting to membrane / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / adipose tissue development / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / : / Schwann cell development / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Erythropoietin activates RAS / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR1 signaling / p38MAPK events / Tie2 Signaling / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / EPHB-mediated forward signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / 髄鞘 / Signaling by FGFR1 in disease / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / GRB2 events in ERBB2 signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / regulation of actin cytoskeleton organization / FCERI mediated MAPK activation / animal organ morphogenesis / positive regulation of JNK cascade / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / RAF activation / positive regulation of MAP kinase activity / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Constitutive Signaling by EGFRvIII / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Signaling by SCF-KIT / cellular response to gamma radiation / positive regulation of GTPase activity / エンドサイトーシス / Regulation of RAS by GAPs / Negative regulation of MAPK pathway / RAS processing / Signaling by RAF1 mutants / GDP binding / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / 走化性 / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / positive regulation of type II interferon production / 細胞老化 / positive regulation of fibroblast proliferation / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / DAP12 signaling / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.402 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Eguchi, R.R. / Sha, F. / Gupta, A. / Koide, A. / Koide, S. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017 タイトル: Inhibition of RAS function through targeting an allosteric regulatory site. 著者: Spencer-Smith, R. / Koide, A. / Zhou, Y. / Eguchi, R.R. / Sha, F. / Gajwani, P. / Santana, D. / Gupta, A. / Jacobs, M. / Herrero-Garcia, E. / Cobbert, J. / Lavoie, H. / Smith, M. / ...著者: Spencer-Smith, R. / Koide, A. / Zhou, Y. / Eguchi, R.R. / Sha, F. / Gajwani, P. / Santana, D. / Gupta, A. / Jacobs, M. / Herrero-Garcia, E. / Cobbert, J. / Lavoie, H. / Smith, M. / Rajakulendran, T. / Dowdell, E. / Okur, M.N. / Dementieva, I. / Sicheri, F. / Therrien, M. / Hancock, J.F. / Ikura, M. / Koide, S. / O'Bryan, J.P. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5e95.cif.gz | 76.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5e95.ent.gz | 53.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5e95.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/5e95 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/5e95 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4je4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10420.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 19019.320 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-166 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HRAS, HRAS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01112 |
#3: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.59 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.2M Ammonium Fluoride, 20% PEG 2250 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→33.14 Å / Num. obs: 48900 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.547 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 78.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4JE4 解像度: 1.402→33.137 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 19.53 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.402→33.137 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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