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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dvm | ||||||
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タイトル | Fc Design 20.8.37 B chain homodimer E357D/S364R/Y407A | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
Model details | Design XXX | ||||||
![]() | Atwell, S. / Leaver-Fay, A. / Froning, K.J. / Aldaz, H. / Pustilnik, A. / Lu, F. / Huang, F. / Yuan, R. / Dhanani, S.H. / Chamberlain, A.K. ...Atwell, S. / Leaver-Fay, A. / Froning, K.J. / Aldaz, H. / Pustilnik, A. / Lu, F. / Huang, F. / Yuan, R. / Dhanani, S.H. / Chamberlain, A.K. / Fitchett, J.R. / Gutierrez, B. / Hendle, J. / Demarest, S.J. / Kuhlman, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Computationally Designed Bispecific Antibodies using Negative State Repertoires. 著者: Leaver-Fay, A. / Froning, K.J. / Atwell, S. / Aldaz, H. / Pustilnik, A. / Lu, F. / Huang, F. / Yuan, R. / Hassanali, S. / Chamberlain, A.K. / Fitchett, J.R. / Demarest, S.J. / Kuhlman, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5di8C ![]() 5dj0C ![]() 5dj2C ![]() 5dj6C ![]() 5dj8C ![]() 5djaC ![]() 5djcC ![]() 5djdC ![]() 5djxC ![]() 5djyC ![]() 5djzC ![]() 5dk0C ![]() 5dk2C ![]() 5dvkC ![]() 5dvlC ![]() 5dvnC ![]() 5dvoC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25577.012 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 104-330 / 変異: E357D, S364R, Y407A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: transient expression / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1533.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.27 % |
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結晶化![]() | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 100mM Sodium Cacodylate pH 6.5 + 20% PEG 8K + 200mM Magnesium Acetate tetrahydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月2日 / 詳細: Diamond (111) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.95→30 Å / Num. obs: 8056 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.7 % / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.162 / Rsym value: 0.136 / Net I/av σ(I): 4.279 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 45883 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.95→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 20.583 / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.948 / ESU R Free: 0.409 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 146.5 Å2 / Biso mean: 69.424 Å2 / Biso min: 32.96 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.95→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.95→3.026 Å / Total num. of bins used: 20
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