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- PDB-5duy: Structure of lectin from the sea mussel Crenomytilus grayanus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5duy
タイトルStructure of lectin from the sea mussel Crenomytilus grayanus
要素GalNAc/Gal-specific lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin (レクチン) / sea vertebrate / recombinant / trefoil
機能・相同性Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / carbohydrate binding / Mainly Beta / Galactose-binding lectin
機能・相同性情報
生物種Crenomytilus grayanus (エゾイガイ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Lubkowski, J. / Jakob, M. / O'Keefe, B. / Wlodawer, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structure of a lectin from the sea mussel Crenomytilus grayanus (CGL).
著者: Jakob, M. / Lubkowski, J. / O'Keefe, B.R. / Wlodawer, A.
履歴
登録2015年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22015年12月23日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GalNAc/Gal-specific lectin
B: GalNAc/Gal-specific lectin
C: GalNAc/Gal-specific lectin
D: GalNAc/Gal-specific lectin
E: GalNAc/Gal-specific lectin
F: GalNAc/Gal-specific lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,82424
ポリマ－124,1666
非ポリマー1,65818
水13,385743
1
A: GalNAc/Gal-specific lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9714
ポリマ－20,6941
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GalNAc/Gal-specific lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9714
ポリマ－20,6941
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: GalNAc/Gal-specific lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9714
ポリマ－20,6941
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: GalNAc/Gal-specific lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9714
ポリマ－20,6941
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: GalNAc/Gal-specific lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9714
ポリマ－20,6941
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: GalNAc/Gal-specific lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9714
ポリマ－20,6941
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.289, 68.337, 131.694
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Monomer confirmed by gel filtration and X-ray analysis

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要素

#1: タンパク質
GalNAc/Gal-specific lectin


分子量: 20694.383 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The synthetic gene was cloned in the Gateway (R) system with the N-TERMINAL HIS6-TAG
由来: (組換発現) Crenomytilus grayanus (エゾイガイ)
解説: Non-optimized sequence synthesized by BioiBasic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H2FH31
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 743 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 % / 解説: needles
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 18% (w/v) PEG4000, 0.1 M SODIUM ACETATE, 0.1 M LITHIUM SUFFATE
Temp details: incubator

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→50 Å / Num. obs: 63465 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 2.12→2.16 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 80.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0104精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
MR-Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Model was an electron density calculated for the assembly of 39 homologous structures

解像度: 2.12→38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 7.428 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18422 1922 3 %RANDOM
Rwork0.13937 ---
obs0.14072 61539 97.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.068 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20 Å2-0.05 Å2
2--0.76 Å20 Å2
3----1.54 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.12→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7210 0 108 743 8061
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0217631
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6321.93510297
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1055914
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.37423.874382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.807151234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.4591533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.21025
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215931
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.811.54519
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.38527312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.53833112
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7184.52973
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.175 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 133 -
Rwork0.168 3736 -
obs--81.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33660.06880.06461.06090.47792.55850.0192-0.1094-0.03070.1579-0.02740.06240.1531-0.24390.00830.063-0.01910.00870.05770.01230.01628.7020.05221.69
21.49540.07810.21990.8651-0.1122.7230.06990.1654-0.0333-0.0691-0.071-0.05050.07730.34540.00110.08030.037-0.00840.08770.00160.00951.72111.47147.073
33.0912-1.3166-1.36092.17210.70892.10410.21220.45180.3306-0.2406-0.0865-0.2044-0.148-0.2265-0.12560.1050.01120.04420.09920.07820.099627.28635.42746.188
42.15960.407-1.29562.2413-0.03172.4352-0.16580.13810.0746-0.17060.1447-0.0330.14110.00020.0210.0519-0.03430.01190.0437-0.02750.058412.2784.96451.186
51.1883-0.1514-0.04552.297-1.15532.3806-0.031-0.1452-0.01080.2860.18450.2474-0.2571-0.2558-0.15340.05910.05280.03010.06670.02290.040125.71430.3986.333
63.8906-0.6333-0.80311.3971-0.16512.1021-0.2038-0.58490.2930.210.1993-0.14960.11320.20460.00450.09280.0461-0.08770.1359-0.0510.104859.02824.68812.592
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 150
2X-RAY DIFFRACTION1A201
3X-RAY DIFFRACTION2B2 - 150
4X-RAY DIFFRACTION2B201
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 150
6X-RAY DIFFRACTION3C201
7X-RAY DIFFRACTION4D2 - 150
8X-RAY DIFFRACTION4D201
9X-RAY DIFFRACTION5E3 - 150
10X-RAY DIFFRACTION5E201
11X-RAY DIFFRACTION6F2 - 150
12X-RAY DIFFRACTION6F201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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