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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dkx | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of glucosidase II alpha subunit (Tris-bound from) | |||||||||
要素 | Alpha glucosidase-like protein | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ENDOPLASMIC RETICULUM (小胞体) / GLYCOSIDE HYDROLASE (グリコシダーゼ) / GLYCOSYLATION (グリコシル化) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alpha-glucosidase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / 小胞体 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Satoh, T. / Toshimori, T. / Yan, G. / Yamaguchi, T. / Kato, K. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016 タイトル: Structural basis for two-step glucose trimming by glucosidase II involved in ER glycoprotein quality control. 著者: Satoh, T. / Toshimori, T. / Yan, G. / Yamaguchi, T. / Kato, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5dkx.cif.gz | 233.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5dkx.ent.gz | 178.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5dkx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/5dkx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/5dkx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 108501.156 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 31-977 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0064960 / プラスミド: pCold-GST (modified) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0SG42 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-TRS / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.61 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.7 M sodium malonate, 100 mM Tris-HCl (pH 7.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 209648 / Num. obs: 209344 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 46.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 0.798 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.897 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.4→20 Å
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拘束条件 |
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