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- PDB-5dar: CRYSTAL STRUCTURE OF THE BASE OF THE RIBOSOMAL P STALK FROM METHA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dar
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE BASE OF THE RIBOSOMAL P STALK FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 2
  • 74 nt fragment of 23S rRNA
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / ribosome (リボソーム) / P-stalk / archaea (古細菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学)
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L10, N-terminal fragment, domain II / Ribosomal protein L10, N-terminal RNA-binding domain / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / 50S ribosomal protein L10, archaea / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L11, conserved site ...Ribosomal protein L10, N-terminal fragment, domain II / Ribosomal protein L10, N-terminal RNA-binding domain / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2 / 50S ribosomal protein L10, archaea / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL10
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gabdulkhakov, A.G. / Mitroshin, I.V. / Garber, M.B.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF THE BASE OF THE RIBOSOMAL P STALK FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII
著者: Gabdulkhakov, A.G. / Mitroshin, I.V. / Garber, M.B.
履歴
登録2015年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 74 nt fragment of 23S rRNA
B: 50S ribosomal protein L10
C: 50S ribosomal protein L11
D: 74 nt fragment of 23S rRNA
E: 50S ribosomal protein L10
F: 50S ribosomal protein L11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,08722
ポリマ－129,5916
非ポリマー49616
水25214
1
A: 74 nt fragment of 23S rRNA
B: 50S ribosomal protein L10
C: 50S ribosomal protein L11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,10513
ポリマ－64,7953
非ポリマー31010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6400 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area24400 Å2
手法PISA
2
D: 74 nt fragment of 23S rRNA
E: 50S ribosomal protein L10
F: 50S ribosomal protein L11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9829
ポリマ－64,7953
非ポリマー1876
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6160 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area25680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.396, 88.451, 95.231
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 AD

#1: RNA鎖 74 nt fragment of 23S rRNA


分子量: 23928.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: pMja23S-74.UC18 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1(Blue) / 参照: GenBank: 470491724

-
50S ribosomal protein ... , 2種, 4分子 BECF

#2: タンパク質 50S ribosomal protein L10 / / Acidic ribosomal protein P0 homolog / MjaL10


分子量: 23353.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: rpl10, rplP0, MJ0509 / プラスミド: pET-11c/MjaP0NTF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pUBS520 / 参照: UniProt: P54049
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L11 /


分子量: 17513.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: rpl11, MJ0373 / プラスミド: pET-11c/MjaL11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pUBS520 / 参照: UniProt: P54030

-
非ポリマー , 4種, 30分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 0.15 M KCl, 20 mM MgCl2, 15% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 25542 / Num. obs: 25542 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 4.35 % / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 7.01
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PROTEUM PLUSデータ削減
PROTEUM PLUSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5COL, 5D6G

5col

5d6g


解像度: 2.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.859 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.812 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.521 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29679 1293 5.1 %RANDOM
Rwork0.26443 ---
obs0.26607 24191 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9 Å2-0 Å2-1.58 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3----0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5208 3176 16 14 8414
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0168832
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6721.69212666
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.374316312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7095674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.88125.989182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.581151045
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7031522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217473
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021725
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6685.5512717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6675.552716
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.3348.3063384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.3338.3073385
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9943.4776115
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9943.4776116
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4575.1359283
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.66635.56739239
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.65635.57339221
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 107 -
Rwork0.361 1714 -
obs--96.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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