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万見
- PDB-5cxc: Structure of Ytm1 bound to the C-terminal domain of Erb1 in P 65 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cxc
タイトルStructure of Ytm1 bound to the C-terminal domain of Erb1 in P 65 2 2 space group
要素
  • Ribosome biogenesis protein ERB1リボソーム生合成
  • Ribosome biogenesis protein YTM1リボソーム生合成
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / ribosome assembly (リボソーム) / WD40 / beta-propeller (Βプロペラドメイン) / ubiquitin-like domain (ユビキチン様タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, large subunit precursor / ribonucleoprotein complex binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 核小体 / 核質
類似検索 - 分子機能
WD repeat WDR12/Ytm1 / BOP1, N-terminal domain / WD repeat BOP1/Erb1 / BOP1NT (NUC169) domain / BOP1NT (NUC169) domain / NLE / NLE (NUC135) domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H ...WD repeat WDR12/Ytm1 / BOP1, N-terminal domain / WD repeat BOP1/Erb1 / BOP1NT (NUC169) domain / BOP1NT (NUC169) domain / NLE / NLE (NUC135) domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome biogenesis protein ERB1 / Ribosome biogenesis protein YTM1
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wegrecki, M. / Bravo, J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: The structure of Erb1-Ytm1 complex reveals the functional importance of a high-affinity binding between two beta-propellers during the assembly of large ribosomal subunits in eukaryotes.
著者: Wegrecki, M. / Rodriguez-Galan, O. / de la Cruz, J. / Bravo, J.
履歴
登録2015年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月23日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosome biogenesis protein YTM1
B: Ribosome biogenesis protein ERB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,7114
ポリマ－95,6402
非ポリマー712
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area32130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.110, 169.110, 154.042
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Ribosome biogenesis protein YTM1 / リボソーム生合成


分子量: 54720.191 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 433-801 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: YTM1, CTHT_0061460 / プラスミド: pOPINF / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G0SFB5
#2: タンパク質 Ribosome biogenesis protein ERB1 / リボソーム生合成 / Eukaryotic ribosome biogenesis protein 1


分子量: 40919.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: ERB1, CTHT_0057570 / プラスミド: pET28-NKI/LIC 6His/3C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codon Plus / 参照: UniProt: G0SCK6
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 15% PEG 4000,0.1M Na citrate pH 5.6, 0.2M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48.82 Å / Num. obs: 24180 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.1 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / 冗長度: 40.2 % / Rmerge(I) obs: 2.817 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U7A and 3PSL

4u7a

3psl


解像度: 3.1→48.818 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 1237 5.13 %
Rwork0.1936 --
obs0.196 24113 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.818 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6160 0 2 0 6162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066314
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.268593
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5082273
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042982
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061098
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.22410.34741310.29172504X-RAY DIFFRACTION100
3.2241-3.37080.30311490.27182471X-RAY DIFFRACTION100
3.3708-3.54850.29421350.23732489X-RAY DIFFRACTION100
3.5485-3.77070.28521510.21782496X-RAY DIFFRACTION100
3.7707-4.06180.24781280.20292517X-RAY DIFFRACTION100
4.0618-4.47030.19771440.15762523X-RAY DIFFRACTION100
4.4703-5.11650.19771240.14942567X-RAY DIFFRACTION100
5.1165-6.44390.21721370.19322584X-RAY DIFFRACTION100
6.4439-48.82390.24481380.19472725X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1636-0.28550.55423.70340.38285.93610.13870.1441-0.0173-0.1647-0.00960.2086-0.0219-0.5737-0.16760.7615-0.0540.0661.1354-0.31880.9215-115.939328.29748.5393
23.84180.98310.41891.5222-0.21593.00850.2111-0.42520.16170.5143-0.4185-0.08270.02620.19250.28160.795-0.08530.14470.47020.00920.683-73.916825.382118.3806
33.09771.0514-0.1661.9885-0.68393.8787-0.0639-0.2815-0.59610.0213-0.4058-0.1320.84320.17480.43851.02540.05380.16840.49060.01170.761-73.9578.339910.6668
44.5856-0.2791-0.27533.31380.50443.3820.01810.3081-0.1131-0.2603-0.37420.1072-0.0083-0.51840.32690.7378-0.00880.15180.5534-0.1730.6993-88.948524.49943.1237
53.6421-1.37950.29891.4324-0.46144.5429-0.0211-0.4706-0.1922-0.1054-0.1682-0.08710.14030.66770.22470.79940.19260.19970.58360.11490.668-60.785520.1791-10.4639
63.93180.50250.53521.38240.52663.0815-0.17060.1737-0.5994-0.2021-0.1104-0.36740.48240.53090.28070.99560.19830.29110.72740.16570.781-56.658712.7808-28.4804
74.09670.46170.27582.13780.40973.6812-0.12830.4565-0.2221-0.0937-0.0676-0.07980.3916-0.11980.12730.86930.14330.13010.59670.0060.631-73.94619.2181-22.5089
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 93 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 94 through 244 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 245 through 348 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 349 through 487 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 435 through 544 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 545 through 719 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 720 through 801 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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