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- PDB-5cwb: Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR4 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cwb | ||||||
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Title | Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR4 | ||||||
![]() | Designed helical repeat protein | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bhabha, G. / Ekiert, D.C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Exploring the repeat protein universe through computational protein design. Authors: Brunette, T.J. / Parmeggiani, F. / Huang, P.S. / Bhabha, G. / Ekiert, D.C. / Tsutakawa, S.E. / Hura, G.L. / Tainer, J.A. / Baker, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 138.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 118.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5cwcC ![]() 5cwdC ![]() 5cwfC ![]() 5cwgC ![]() 5cwhC ![]() 5cwiC ![]() 5cwjC ![]() 5cwkC ![]() 5cwlC ![]() 5cwmC ![]() 5cwnC ![]() 5cwoC ![]() 5cwpC ![]() 5cwqC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 23836.801 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Plasmid: pET21_NESG / Production host: ![]() ![]() ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.71 Å3/Da / Density % sol: 28.27 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 Details: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1M acetate, pH 4.6, 30% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 6, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.55→50 Å / Num. obs: 24187 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 22.49 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 16.55 / Num. measured all: 172015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 149.05 Å2 / Biso mean: 38.4292 Å2 / Biso min: 13.57 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.55→42.903 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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