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- PDB-5cs7: The crystal structure of wt beta2-microglobulin at room temperature -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cs7 | ||||||
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Title | The crystal structure of wt beta2-microglobulin at room temperature | ||||||
![]() | Beta-2-microglobulin![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | de Rosa, M. / Mota, C.S. / de Sanctis, D. / Bolognesi, M. / Ricagno, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Conformational dynamics in crystals reveal the molecular bases for D76N beta-2 microglobulin aggregation propensity. Authors: Le Marchand, T. / de Rosa, M. / Salvi, N. / Sala, B.M. / Andreas, L.B. / Barbet-Massin, E. / Sormanni, P. / Barbiroli, A. / Porcari, R. / Sousa Mota, C. / de Sanctis, D. / Bolognesi, M. / ...Authors: Le Marchand, T. / de Rosa, M. / Salvi, N. / Sala, B.M. / Andreas, L.B. / Barbet-Massin, E. / Sormanni, P. / Barbiroli, A. / Porcari, R. / Sousa Mota, C. / de Sanctis, D. / Bolognesi, M. / Emsley, L. / Bellotti, V. / Blackledge, M. / Camilloni, C. / Pintacuda, G. / Ricagno, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 59.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 43 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4rmuC ![]() 4rmvC ![]() 4rmwC ![]() 5csbC ![]() 5csgC ![]() 2yxfS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 11879.356 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.86 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: 30% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, 15% glycerol, 0.2M ammonium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 293 K / Ambient temp details: room temperature |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 21, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.1→39.01 Å / Num. obs: 6599 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 7.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.16 Å / Redundancy: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 2YXF Resolution: 2.1→39.006 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.74 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→39.006 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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