+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cq1 | |||||||||
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Title | Disproportionating enzyme 1 from Arabidopsis - cycloamylose soak | |||||||||
Components | 4-alpha-glucanotransferase DPE1, chloroplastic/amyloplastic | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / disproportionating enzyme 1 / 4-alpha-glucanotransferase / Glycoside Hydrolase Family 77 / starch degradation | |||||||||
Function / homology | Function and homology information amyloplast / 4-alpha-glucanotransferase / 4-alpha-glucanotransferase activity / beta-maltose 4-alpha-glucanotransferase activity / maltose catabolic process / starch catabolic process / chloroplast / glucose metabolic process Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | |||||||||
Authors | O'Neill, E.C. / Stevenson, C.E.M. / Tantanarat, K. / Latousakis, D. / Donaldson, M.I. / Rejzek, M. / Limpaseni, T. / Smith, A.M. / Field, R.A. / Lawson, D.M. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2015 Title: Structural Dissection of the Maltodextrin Disproportionation Cycle of the Arabidopsis Plastidial Disproportionating Enzyme 1 (DPE1). Authors: O'Neill, E.C. / Stevenson, C.E. / Tantanarat, K. / Latousakis, D. / Donaldson, M.I. / Rejzek, M. / Nepogodiev, S.A. / Limpaseni, T. / Field, R.A. / Lawson, D.M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5cq1.cif.gz | 421.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5cq1.ent.gz | 341.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5cq1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/5cq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/5cq1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5cpqC 5cpsC 5cptC 5csuC 5csyC 1x1nS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 60 - 576 / Label seq-ID: 48 - 564
|
-Components
#1: Protein | Mass: 63320.191 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 44-576 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The crystallised protein contained residues 46-576 of the wild-type amino acid sequence preceded by an N-terminal nickel affinity tag Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: DPE1, At5g64860, MXK3.9 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9LV91, 4-alpha-glucanotransferase #2: Polysaccharide | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Sugar | ChemComp-GLC / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 1 microliter of 9% PEG2000 MME in 0.1 M HEPES-NaOH, pH 8.0 was added to 1 microliter of protein at a concentration of 10 mg/ml in 20 mM HEPES-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.9173 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Oct 17, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9173 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→32.028 Å / Num. all: 52739 / Num. obs: 52739 / % possible obs: 92.4 % / Redundancy: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.085 / Rsym value: 0.077 / Net I/av σ(I): 8.273 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 279175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1X1N Resolution: 2.3→32.028 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / WRfactor Rfree: 0.1995 / WRfactor Rwork: 0.1711 / FOM work R set: 0.8496 / SU B: 12.442 / SU ML: 0.148 / SU R Cruickshank DPI: 0.3027 / SU Rfree: 0.2021 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.202 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 118.22 Å2 / Biso mean: 41.1 Å2 / Biso min: 17.6 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→32.028 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 29671 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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