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万見
- PDB-5cpf: Compensation of the effect of isoleucine to alanine mutation by d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cpf
タイトルCompensation of the effect of isoleucine to alanine mutation by designed inhibition in the InhA enzyme
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Fatty acid biosynthesis inhibition Substrate binding loop conformation Free energy calculation
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-53K / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.409 Å
データ登録者Li, H.-J. / Lai, C.-T. / Pan, P. / Yu, W. / Shah, S. / Bommineni, G.R. / Perrone, V. / Garcia-Diaz, M. / Tonge, P.J. / Simmerling, C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102864 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)P41RR012408 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Rational Modulation of the Induced-Fit Conformational Change for Slow-Onset Inhibition in Mycobacterium tuberculosis InhA.
著者: Lai, C.T. / Li, H.J. / Yu, W. / Shah, S. / Bommineni, G.R. / Perrone, V. / Garcia-Diaz, M. / Tonge, P.J. / Simmerling, C.
履歴
登録2015年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.country ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,82012
ポリマ－122,7364
非ポリマー4,0838
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18770 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area32050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.010, 97.556, 184.711
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / NADH-dependent enoyl-ACP reductase


分子量: 30684.053 Da / 分子数: 4 / 変異: I215A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh) (結核菌)
株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: inhA, MT1531 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WGR0, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-53K / 2-(2-methylphenoxy)-5-[(4-phenyl-1H-1,2,3-triazol-1-yl)methyl]phenol


分子量: 357.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H19N3O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Sodium Malonate, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 23298 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 14

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.2_869精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AQ8

2aq8


解像度: 3.409→48.778 Å / SU ML: 0.85 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2498 1195 5.15 %
Rwork0.1819 --
obs0.1854 23208 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.279 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5836 Å2-0 Å2-0 Å2
2--17.9257 Å20 Å2
3----15.3422 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.409→48.778 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7718 0 284 0 8002
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098182
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.37411169
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8862978
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061428
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4087-3.54520.27051330.22072301X-RAY DIFFRACTION95
3.5452-3.70650.28461240.18972422X-RAY DIFFRACTION100
3.7065-3.90180.2621410.18762400X-RAY DIFFRACTION100
3.9018-4.14610.24691360.16772434X-RAY DIFFRACTION100
4.1461-4.4660.20011360.15182448X-RAY DIFFRACTION100
4.466-4.91510.2441060.16412470X-RAY DIFFRACTION100
4.9151-5.62540.27161330.20842460X-RAY DIFFRACTION100
5.6254-7.0840.2971530.20852490X-RAY DIFFRACTION100
7.084-48.7830.21491330.17042588X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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