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- PDB-5cnp: X-ray crystal structure of Spermidine n1-acetyltransferase from V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cnp
タイトルX-ray crystal structure of Spermidine n1-acetyltransferase from Vibrio cholerae.
要素Spermidine N(1)-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / acetyltransferase / spermidine (スペルミジン) / spermine (スペルミン) / structural genomics (構造ゲノミクス) / IDP01616 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


spermidine catabolic process / spermine catabolic process / diamine N-acetyltransferase / polyamine catabolic process / diamine N-acetyltransferase activity / magnesium ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-プロパノール / Spermidine N(1)-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Osipiuk, J. / VOLKART, L. / MOY, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272200700058C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Substrate-Induced Allosteric Change in the Quaternary Structure of the Spermidine N-Acetyltransferase SpeG.
著者: Filippova, E.V. / Weigand, S. / Osipiuk, J. / Kiryukhina, O. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2015年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年7月29日ID: 3EG7
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22015年11月11日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spermidine N(1)-acetyltransferase
B: Spermidine N(1)-acetyltransferase
C: Spermidine N(1)-acetyltransferase
D: Spermidine N(1)-acetyltransferase
E: Spermidine N(1)-acetyltransferase
F: Spermidine N(1)-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,89111
ポリマ－126,6986
非ポリマー1935
水4,288238
1
A: Spermidine N(1)-acetyltransferase
B: Spermidine N(1)-acetyltransferase
C: Spermidine N(1)-acetyltransferase
D: Spermidine N(1)-acetyltransferase
E: Spermidine N(1)-acetyltransferase
F: Spermidine N(1)-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Spermidine N(1)-acetyltransferase
B: Spermidine N(1)-acetyltransferase
C: Spermidine N(1)-acetyltransferase
D: Spermidine N(1)-acetyltransferase
E: Spermidine N(1)-acetyltransferase
F: Spermidine N(1)-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,78222
ポリマ－253,39612
非ポリマー38610
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area31540 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area88170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.931, 134.176, 77.477
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.430, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Spermidine N(1)-acetyltransferase / SAT / Spermidine/spermine N(1)-acetyltransferase / SSAT


分子量: 21116.330 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SNA - cloning artifacts
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: speG, VC_A0947 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KL03, diamine N-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.09 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris buffer, 8% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 2004-10-20
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月20日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→38.6 Å / Num. obs: 58601 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 0.931 / Net I/av σ(I): 20.301 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 532616
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.4-2.473.50.48489010.77191.6
2.47-2.554.30.39596820.77799.7
2.55-2.644.50.30796760.77899.9
2.64-2.754.60.24996860.8199.9
2.75-2.874.70.18997140.846100
2.87-3.024.80.14696810.894100
3.02-3.214.90.197060.978100
3.21-3.464.90.07596471.093100
3.46-3.814.90.06297051.03399.9
3.81-4.364.80.04897010.99599.9
4.36-5.494.70.04196881.02299.8
5.49-404.60.03695961.07299

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.38→36.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 15.078 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2357 3934 6.7 %RANDOM
Rwork0.1847 ---
obs0.1881 54667 98.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 123.12 Å2 / Biso mean: 50.164 Å2 / Biso min: 25.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.94 Å20 Å2-0.24 Å2
2--0.42 Å2-0 Å2
3---0.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.38→36.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8657 0 11 238 8906
Biso mean--41.73 43.95 -
残基数----1025
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0198897
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028402
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4831.94212012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.782319185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.14351028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.92123.981535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.454151527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1431571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21265
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022333
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1073.2514103
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1073.254102
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3064.8635119
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.442 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 229 -
Rwork0.28 3304 -
all-3533 -
obs--80.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8444-0.18180.88672.5315-1.05522.3555-0.0110.0696-0.1651-0.4456-0.05720.06230.39340.01750.06820.19670.06390.03360.1448-0.00560.138274.050467.564971.9006
20.8776-0.62550.88961.7859-0.05521.24680.01480.08110.0737-0.2334-0.0711-0.1579-0.06650.21790.05630.03860.02210.02130.21680.03980.09784.681999.575375.283
30.9989-0.08030.44011.90980.89550.71270.01530.08340.0351-0.13420.01850.0929-0.0630.1023-0.03370.0421-0.0452-0.03780.0877-0.00130.186766.8359126.684264.8673
42.0013-0.2575-0.50492.04290.79440.3930.09210.31280.0854-0.1423-0.0235-0.1543-0.0776-0.0804-0.06870.10250.0269-0.05480.14630.09070.147936.6638124.046148.375
51.6076-0.6062-0.51631.68070.26550.17190.00590.2586-0.0074-0.2074-0.0161-0.0596-0.0145-0.09810.01020.076-0.0399-0.03560.2469-0.02780.05922.894694.300940.3566
61.81440.2334-0.45021.7892-0.03360.17710.03840.0897-0.19230.1112-0.1149-0.31080.07810.02590.07650.14060.059-0.04780.1845-0.05020.17238.041164.368546.0879
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 173
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 172
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 171
4X-RAY DIFFRACTION4D-1 - 173
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 170
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 170

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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