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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cmz | ||||||
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タイトル | Artificial HIV fusion inhibitor AP3 fused to the C-terminus of gp41 NHR | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/INHIBITOR (ウイルス性) / Enfuvirtide / HIV fusion inhibitor / AP3 / gp41 / 6-HB / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex (ウイルス性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.574 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, Y. / Ye, S. / Zhang, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015 タイトル: Improved Pharmacological and Structural Properties of HIV Fusion Inhibitor AP3 over Enfuvirtide: Highlighting Advantages of Artificial Peptide Strategy. 著者: Zhu, X. / Zhu, Y. / Ye, S. / Wang, Q. / Xu, W. / Su, S. / Sun, Z. / Yu, F. / Liu, Q. / Wang, C. / Zhang, T. / Zhang, Z. / Zhang, X. / Xu, J. / Du, L. / Liu, K. / Lu, L. / Zhang, R. / Jiang, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5cmz.cif.gz | 44.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5cmz.ent.gz | 34.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5cmz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/5cmz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/5cmz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5230.056 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 35-79 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1HMR5, UniProt: P04578*PLUS #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4682.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 4種, 40分子
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
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#4: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#5: 化合物 | ChemComp-P4G / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.06 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.03317 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03317 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.57→38 Å / Num. obs: 61523 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / Net I/σ(I): 27.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.574→37.983 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 29.98 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.574→37.983 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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