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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cmu | ||||||
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タイトル | Artificial HIV fusion inhibitor AP1 fused to the C-terminus of gp41 NHR | ||||||
![]() | Envelope glycoprotein,AP1 | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhu, Y. / Ye, S. / Zhang, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Improved Pharmacological and Structural Properties of HIV Fusion Inhibitor AP3 over Enfuvirtide: Highlighting Advantages of Artificial Peptide Strategy. 著者: Zhu, X. / Zhu, Y. / Ye, S. / Wang, Q. / Xu, W. / Su, S. / Sun, Z. / Yu, F. / Liu, Q. / Wang, C. / Zhang, T. / Zhang, Z. / Zhang, X. / Xu, J. / Du, L. / Liu, K. / Lu, L. / Zhang, R. / Jiang, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 101.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8534.799 Da / 分子数: 3 / 断片: C-terminus (UNP RESIDUES 35-70) / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The fusion protein of expression tag, C-terminus residues 35-70 from gp4 and Artificial inhibitor AP1 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: env / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % |
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結晶化![]() | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 32% (w/v) PEG 3350, 0.2M MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.1→31.03 Å / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 16.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.113→31.03 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.9 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.113→31.03 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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