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- PDB-5cll: Truncated Ran wild type in complex with GDP-BeF and RanBD1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cll
タイトルTruncated Ran wild type in complex with GDP-BeF and RanBD1
要素
  • E3 SUMO-protein ligase RanBP2
  • GTP-binding nuclear protein Ran
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / GTPase (GTPアーゼ) / nuclear transport (核輸送) / Ran binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic periphery of the nuclear pore complex / SUMO ligase activity / SUMO ligase complex / annulate lamellae / nuclear pore cytoplasmic filaments / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / snRNA import into nucleus / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly ...cytoplasmic periphery of the nuclear pore complex / SUMO ligase activity / SUMO ligase complex / annulate lamellae / nuclear pore cytoplasmic filaments / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / snRNA import into nucleus / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / manchette / nuclear inclusion body / nuclear pore nuclear basket / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / importin-alpha family protein binding / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / SUMOylation of SUMOylation proteins / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / protein localization to nucleolus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / SUMOylation of RNA binding proteins / 核外搬出シグナル / Nuclear import of Rev protein / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / GTP metabolic process / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / tRNA processing in the nucleus / SUMO transferase activity / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / MicroRNA (miRNA) biogenesis / nucleocytoplasmic transport / centrosome localization / Viral Messenger RNA Synthesis / NLS-bearing protein import into nucleus / regulation of gluconeogenesis / dynein intermediate chain binding / DNA metabolic process / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / ribosomal subunit export from nucleus / Vpr-mediated nuclear import of PICs / spermatid development / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal small subunit export from nucleus / SUMOylation of DNA replication proteins / protein sumoylation / ribosomal large subunit export from nucleus / sperm flagellum / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mRNA transport / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / 核膜孔 / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / response to amphetamine / 中心小体 / protein export from nucleus / viral process / SUMOylation of chromatin organization proteins / mitotic spindle organization / G protein activity / HCMV Late Events / male germ cell nucleus / RHO GTPases Activate Formins / hippocampus development / Transcriptional regulation by small RNAs / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / recycling endosome / ISG15 antiviral mechanism / small GTPase binding / HCMV Early Events / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / Separation of Sister Chromatids / GDP binding / メラノソーム / フォールディング / positive regulation of protein binding / mitotic cell cycle / 核膜 / snRNP Assembly / midbody / actin cytoskeleton organization / 核膜 / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / 細胞分裂 / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / chromatin binding / クロマチン
類似検索 - 分子機能
Nup358/RanBP2 E3 ligase domain / Nup358/RanBP2 E3 ligase domain / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / small GTPase Ran family profile. / Ran (タンパク質) / Zinc finger domain ...Nup358/RanBP2 E3 ligase domain / Nup358/RanBP2 E3 ligase domain / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / small GTPase Ran family profile. / Ran (タンパク質) / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / E3 SUMO-protein ligase RanBP2 / GTP-binding nuclear protein Ran
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Vetter, I.R. / Brucker, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Catalysis of GTP Hydrolysis by Small GTPases at Atomic Detail by Integration of X-ray Crystallography, Experimental, and Theoretical IR Spectroscopy.
著者: Rudack, T. / Jenrich, S. / Brucker, S. / Vetter, I.R. / Gerwert, K. / Kotting, C.
履歴
登録2015年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding nuclear protein Ran
B: E3 SUMO-protein ligase RanBP2
C: GTP-binding nuclear protein Ran
D: E3 SUMO-protein ligase RanBP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,44010
ポリマ－81,3734
非ポリマー1,0676
水59433
1
A: GTP-binding nuclear protein Ran
B: E3 SUMO-protein ligase RanBP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2205
ポリマ－40,6872
非ポリマー5343
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: GTP-binding nuclear protein Ran
D: E3 SUMO-protein ligase RanBP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2205
ポリマ－40,6872
非ポリマー5343
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.600, 55.780, 122.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A8 - 187
2111C8 - 187
1121B17 - 152
2121D17 - 152

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.999997, -0.000702, 0.002212), (-0.000708, -0.999996, 0.002752), (0.00221, -0.002753, -0.999994)25.21118, -28.38302, 61.44887
3given(1), (1), (1)
4given(0.999998, -0.000485, 0.002079), (-0.000489, -0.999998, 0.002131), (0.002078, -0.002132, -0.999996)25.21675, -28.3504, 61.49931

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / Androgen receptor-associated protein 24 / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 21729.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / プラスミド: pET3d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62826
#2: タンパク質 E3 SUMO-protein ligase RanBP2 / 358 kDa nucleoporin / Nuclear pore complex protein Nup358 / Nucleoporin Nup358 / Ran-binding ...358 kDa nucleoporin / Nuclear pore complex protein Nup358 / Nucleoporin Nup358 / Ran-binding protein 2 / RanBP2 / p270


分子量: 18957.402 Da / 分子数: 2 / Fragment: Ran binding domain 1, residues 1155-1321 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RANBP2, NUP358 / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P49792, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

-
非ポリマー , 4種, 39分子

#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: 18 % PEG 4000, 250 mM ammonium sulfate, 100 mM MES pH 6.25, 1 mM BeF

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月21日
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.446→46.806 Å / Num. obs: 24587 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 10.17
反射 シェル解像度: 2.446→2.51 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / % possible all: 75.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1rrp

1rrp


解像度: 2.45→46.806 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 22.852 / SU ML: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.91 / ESU R Free: 0.327 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27225 1230 5 %RANDOM
Rwork0.23466 ---
obs0.23653 23356 95.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.385 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.18 Å20 Å20.83 Å2
2--1.77 Å20 Å2
3---2.41 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.45→46.806 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5168 0 66 33 5267
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.025377
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2821.9737267
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4985636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.52523.625251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.79815969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6461537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2775
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214033
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A14421
22B11131.05
LS精密化 シェル解像度: 2.446→2.509 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 68 -
Rwork0.328 1297 -
obs--74.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2901-1.4488-0.84933.62890.90443.5579-0.0988-0.17130.14770.2255-0.0567-0.30330.03550.20370.15550.04520.0114-0.01970.0430.01240.044414.6906-11.300813.2065
24.0287-3.08420.50063.27320.63071.7343-0.2159-0.415-0.16870.29810.19250.03370.25760.06560.02330.13040.03040.06170.19620.08460.074612.2568-20.344613.0501
33.29522.8982-1.31917.507-2.46213.3482-0.02510.4518-0.2304-0.2823-0.0335-0.60140.15560.01710.05860.03750.02610.00890.1393-0.03790.033919.3979-17.2751-1.2366
42.2089-0.2284-1.10692.10990.69992.52520.05970.2649-0.0673-0.1221-0.1350.0396-0.006-0.27050.07540.0505-0.0029-0.01720.1141-0.02180.01155.6997-11.63743.4302
55.6715-3.4556-5.85454.3644.278210.5129-0.3666-0.1053-0.19520.43320.38040.51460.7661-0.0425-0.01380.1475-0.04780.01590.1768-0.04810.3771-6.0471-25.25828.514
68.84051.5854-1.43395.08720.52062.234-0.164-0.7463-0.2922-0.03690.1123-0.0318-0.0984-0.13270.05170.07950.00390.01680.1823-0.02460.0538-1.04982.277622.5738
74.5178-0.0931-0.50893.33320.97491.6657-0.08-0.37230.07810.11870.00490.3462-0.2802-0.06270.07510.1070.00880.02080.1173-0.03980.054-3.23082.915724.9729
85.0657-0.67760.49983.6936-1.64245.1663-0.1052-0.24590.5925-0.0692-0.0352-0.2631-0.20290.21620.14040.0580.0043-0.02120.1238-0.12280.1740.16569.718824.8405
93.08571.29010.77212.91590.83144.0939-0.17890.3021-0.062-0.2285-0.0266-0.2672-0.04320.22080.20540.0396-0.01140.01540.07930.00430.0605-10.7684-17.053748.2885
102.24312.25520.01593.0380.76831.0297-0.12890.24780.1128-0.2460.13990.0119-0.26020.0715-0.0110.1281-0.0477-0.06790.18520.03330.0985-12.4907-8.978649.7217
115.7863-4.68240.549227.8107-6.1542.1814-0.1071-0.51010.32740.58570.0184-0.9003-0.35990.17460.08870.1372-0.0228-0.03780.1606-0.08170.0986-5.2622-9.23963.1261
121.62170.35150.72391.99040.64912.65420.0268-0.24630.10340.0872-0.15120.02480.029-0.19740.12430.05540.00090.01740.0765-0.04080.0423-19.6489-16.573858.0248
135.1692.19886.22034.33793.728911.3877-0.27550.06220.1238-0.28830.12960.5241-0.4613-0.010.1460.1060.076-0.01370.1337-0.06070.312-31.2293-3.088753.4199
148.8307-1.24970.53435.0331-0.44732.191-0.29410.33150.07860.05510.21340.1198-0.0602-0.2990.08070.0657-0.016-0.00150.1796-0.09260.0822-28.7401-30.256239.2383
154.45430.19930.59853.45820.9252.2047-0.09060.3732-0.0554-0.18110.04050.21920.23990.06120.05020.0879-0.02410.00110.1316-0.06660.0552-27.1904-31.279436.5244
165.316-0.3559-0.5013.0663-1.46755.409-0.11110.2859-0.6903-0.007-0.0067-0.2650.26230.15280.11780.0594-0.01490.02510.1018-0.11120.1836-25.1375-37.990436.6902
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2A45 - 87
3X-RAY DIFFRACTION3A88 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4A113 - 186
5X-RAY DIFFRACTION5B16 - 29
6X-RAY DIFFRACTION6B30 - 56
7X-RAY DIFFRACTION7B57 - 102
8X-RAY DIFFRACTION8B103 - 150
9X-RAY DIFFRACTION9C8 - 43
10X-RAY DIFFRACTION10C44 - 92
11X-RAY DIFFRACTION11C93 - 112
12X-RAY DIFFRACTION12C113 - 186
13X-RAY DIFFRACTION13D15 - 29
14X-RAY DIFFRACTION14D30 - 53
15X-RAY DIFFRACTION15D54 - 102
16X-RAY DIFFRACTION16D103 - 150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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