[日本語] English
- PDB-5ci5: Crystal Structure of an ABC transporter Solute Binding Protein fr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ci5
タイトルCrystal Structure of an ABC transporter Solute Binding Protein from Thermotoga Lettingae TMO (Tlet_1705, TARGET EFI-510544) bound with alpha-D-Tagatose
要素Extracellular solute-binding protein family 1
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Oxidoreductase (酸化還元酵素) / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics (構造ゲノミクス)
機能・相同性Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / alpha-D-tagatopyranose / Extracellular solute-binding protein family 1
機能・相同性情報
生物種Pseudothermotoga lettingae
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. ...Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of an ABC transporter Solute Binding Protein from Thermotoga Lettingae TMO (Tlet_1705, TARGET EFI-510544) bound with alpha-D-Tagatose
著者: Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. ...著者: Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2015年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年11月15日Group: Atomic model / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Extracellular solute-binding protein family 1
B: Extracellular solute-binding protein family 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5996
ポリマ-94,9382
非ポリマー6614
18,6641036
1
A: Extracellular solute-binding protein family 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6492
ポリマ-47,4691
非ポリマー1801
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Extracellular solute-binding protein family 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9504
ポリマ-47,4691
非ポリマー4813
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.363, 93.077, 103.637
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Extracellular solute-binding protein family 1


分子量: 47469.086 Da / 分子数: 2 / 断片: putative oxidoreductase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudothermotoga lettingae (strain ATCC BAA-301 / DSM 14385 / NBRC 107922 / TMO) (バクテリア)
: ATCC BAA-301 / DSM 14385 / NBRC 107922 / TMO / 遺伝子: Tlet_1705 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8F7X5
#2: 糖 ChemComp-T6T / alpha-D-tagatopyranose / α-D-タガトピラノ-ス / タガトース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C6H12O6
識別子タイププログラム
DTagpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-tagatopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-TagpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
TagSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1036 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein (10mM D-tagatose, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT); Reservoir (0.2 M Sodium chloride, 0.1M Bis-Tris HCl, 25%(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (20% Diethylene glycol, 80% Reservoir)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月26日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→50 Å / Num. obs: 92888 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 0.887 / Net I/av σ(I): 23.083 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 1362797
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.61-1.6414.20.95745690.8950.2610.9920.753100
1.64-1.6714.30.88245770.9140.240.9140.72100
1.67-1.714.40.7446070.9330.2010.7670.727100
1.7-1.7314.40.66545920.9430.180.6890.745100
1.73-1.7714.50.5645810.9580.1510.580.743100
1.77-1.8114.60.47645970.9690.1290.4940.734100
1.81-1.8614.60.446160.9770.1080.4150.755100
1.86-1.9114.70.3246000.9840.0860.3320.775100
1.91-1.9714.70.27546040.9870.0740.2850.864100
1.97-2.0314.80.23146230.9920.0620.2390.819100
2.03-2.114.90.1946240.9940.0510.1970.874100
2.1-2.1914.90.15145970.9950.040.1560.756100
2.19-2.2814.90.14446660.9960.0380.1490.914100
2.28-2.414.90.15746210.9950.0420.1621.041100
2.4-2.5614.90.14546600.9940.0390.151.173100
2.56-2.75150.13246680.9920.0350.1361.33100
2.75-3.0314.90.12846890.9940.0340.1331.594100
3.03-3.4714.90.09447070.9970.0250.0971.225100
3.47-4.3714.80.05247610.9990.0140.0540.587100
4.37-5014.20.05249290.9970.0140.0540.54499.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.61→26.619 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1679 4332 4.91 %
Rwork0.1319 83949 -
obs0.1337 88281 95.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.9 Å2 / Biso mean: 18.9239 Å2 / Biso min: 4.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.61→26.619 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6249 0 96 1043 7388
Biso mean--23.82 30.32 -
残基数----785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016530
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.298896
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05950
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081122
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1442376
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6069-1.62520.26351070.18651947205467
1.6252-1.64430.2321010.17442152225374
1.6443-1.66440.21681460.17492200234676
1.6644-1.68540.21811030.16022345244881
1.6854-1.70760.20351410.16192420256184
1.7076-1.7310.21491360.16642582271888
1.731-1.75570.19961410.16512646278791
1.7557-1.78190.21911580.16482729288795
1.7819-1.80970.22911320.1592911304398
1.8097-1.83940.19761370.15722891302899
1.8394-1.87110.19181320.15329363068100
1.8711-1.90510.19741690.149628833052100
1.9051-1.94180.16811610.147929293090100
1.9418-1.98140.18191540.141728993053100
1.9814-2.02450.18081440.140229243068100
2.0245-2.07150.17711500.134629273077100
2.0715-2.12330.15991350.128429293064100
2.1233-2.18070.14861420.124729223064100
2.1807-2.24480.17561290.125429753104100
2.2448-2.31720.15781500.127729323082100
2.3172-2.40.16141310.12329393070100
2.4-2.4960.16951480.11629613109100
2.496-2.60960.14971500.116929223072100
2.6096-2.7470.15041650.123129673132100
2.747-2.91890.16161730.128429433116100
2.9189-3.1440.18141370.137229923129100
3.144-3.45970.16661540.126729823136100
3.4597-3.9590.14561670.113929943161100
3.959-4.98250.12151860.103830043190100
4.9825-26.62270.17351530.13733166331999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02720.0047-0.01680.0229-0.00750.02610.02950.0258-0.11240.00210.0193-0.02690.09010.09440.00390.1360.0283-0.01310.083-0.02940.103368.317248.42770.085
20.03120.0020.0010.0867-0.00830.13930.01960.0156-0.0102-0.0270.01710.02690.043-0.00910.04690.06230.00530.00080.06670.01080.060160.940462.230473.128
30.00810.0046-0.00270.01460.0110.0193-0.0474-0.0597-0.00790.0660.0368-0.01040.0495-0.0390.00070.09060.01970.01240.11280.01750.077558.71160.7887107.2207
40.09140.0223-0.05060.08780.02880.18480.0128-0.0102-0.00750.00910.0041-0.0212-0.0145-0.008800.06310.0184-0.00280.05540.00490.062363.63364.324591.6252
50.0042-0.001-0.00430.01190.01010.00930.01470.0453-0.1052-0.0213-0.0520.00440.0612-0.0553-00.1421-0.0131-0.00550.08470.00020.114756.457548.49269.4236
60.1023-0.08450.01810.08910.05230.09150.013-0.02520.0054-0.0363-0.005-0.0207-0.0464-0.04970.00960.0775-0.01750.00410.07490.00490.076160.877968.184785.0634
70.04970.0128-0.00250.05580.02540.0547-0.04130.0896-0.02710.01980.071-0.04220.07760.1434-0.00180.08220.00360.00470.1152-0.02070.100633.695350.185855.4236
8-0.0005-0.0005-0.00460.0080.00610.023-0.0420.0330.016-0.04430.08560.0533-0.02210.06280.00250.0812-0.02020.00060.07530.01040.063828.135563.25351.1212
90.0930.0549-0.02090.21080.0380.0205-0.0123-0.068-0.0366-0.0551-0.01260.0594-0.0070.0145-0.0140.0366-0.0043-0.00240.06350.02330.060919.9458.877665.3612
100.00920.0148-0.00740.0245-0.00580.0099-0.0128-0.0885-0.00080.0998-0.0439-0.03140.0955-0.0316-0.00010.1608-0.03170.00460.26840.00820.087724.731859.005692.9586
110.11040.03580.0140.0160.02930.132-0.0212-0.160.0576-0.0259-0.0019-0.001-0.0963-0.0354-0.00970.07140.0173-0.01780.0919-0.03090.074328.369671.855578.2548
120.25960.07840.06980.08330.02970.05020.0289-0.0945-0.0511-0.00390.0056-0.04310.0128-0.02240.01120.0550.005-0.01120.08450.00750.087729.259356.66276.0337
130.0461-0.01060.02340.02570.01690.0345-0.02620.0047-0.0256-0.00340.00010.05240.0398-0.0252-0.00110.0864-0.0125-0.00090.06720.00050.084417.731352.954962.9045
140.0060.0006-0.010.01120.01040.0276-0.1097-0.03040.1594-0.040.0384-0.0773-0.09470.0342-0.10810.0744-0.0524-0.11660.0159-0.09920.14836.228378.404973.8484
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 19 through 61 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 62 through 147 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 148 through 174 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 175 through 308 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 309 through 332 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 333 through 411 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 19 through 71 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 72 through 104 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 105 through 148 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 149 through 174 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 175 through 231 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 232 through 308 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 309 through 372 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 373 through 410 )B0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る