PDB-5ci5: Crystal Structure of an ABC transporter Solute Binding Protein fr...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 5ci5

タイトル

Crystal Structure of an ABC transporter Solute Binding Protein from Thermotoga Lettingae TMO (Tlet_1705, TARGET EFI-510544) bound with alpha-D-Tagatose

要素

Extracellular solute-binding protein family 1

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN /

Oxidoreductase (酸化還元酵素) /

ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI /

Structural Genomics (構造ゲノミクス)

機能・相同性

Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / alpha-D-tagatopyranose / Extracellular solute-binding protein family 1

機能・相同性情報

生物種

Pseudothermotoga lettingae

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.61 Å

データ登録者

Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of an ABC transporter Solute Binding Protein from Thermotoga Lettingae TMO (Tlet_1705, TARGET EFI-510544) bound with alpha-D-Tagatose
著者: Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. ...

履歴

登録	2015年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2017年11月15日	Group: Atomic model / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: atom_site / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 3.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.type 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ci5.cif.gz	466.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ci5.ent.gz	395.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ci5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/5ci5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/5ci5	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5z6b-d 5dcw-d 6dts-2 5caq-d 5edr-d 1mdp-1 3wsb-2 3wcb-2 4zza-1 4rk9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510544

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Extracellular solute-binding protein family 1

B: Extracellular solute-binding protein family 1

ヘテロ分子

95.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Extracellular solute-binding protein family 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Extracellular solute-binding protein family 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.363, 93.077, 103.637
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Extracellular solute-binding protein family 1

分子量: 47469.086 Da / 分子数: 2 / 断片: putative oxidoreductase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudothermotoga lettingae (strain ATCC BAA-301 / DSM 14385 / NBRC 107922 / TMO) (バクテリア)
株: ATCC BAA-301 / DSM 14385 / NBRC 107922 / TMO / 遺伝子: Tlet_1705 / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8F7X5

#2: 糖

ChemComp-T6T / alpha-D-tagatopyranose / α-D-タガトピラノ-ス /

タガトース

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル /

エチレングリコール

分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 化合物

ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル /

ポリエチレングリコール

分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1036 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 34 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein (10mM D-tagatose, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT); Reservoir (0.2 M Sodium chloride, 0.1M Bis-Tris HCl, 25%(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (20% Diethylene glycol, 80% Reservoir)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月26日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.61→50 Å / Num. obs: 92888 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.7 % / B_iso Wilson estimate: 12.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.113 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.117 / Χ²: 0.887 / Net I/av σ(I): 23.083 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 1362797

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.61-1.64	14.2	0.957	4569	0.895	0.261	0.992	0.753	100
1.64-1.67	14.3	0.882	4577	0.914	0.24	0.914	0.72	100
1.67-1.7	14.4	0.74	4607	0.933	0.201	0.767	0.727	100
1.7-1.73	14.4	0.665	4592	0.943	0.18	0.689	0.745	100
1.73-1.77	14.5	0.56	4581	0.958	0.151	0.58	0.743	100
1.77-1.81	14.6	0.476	4597	0.969	0.129	0.494	0.734	100
1.81-1.86	14.6	0.4	4616	0.977	0.108	0.415	0.755	100
1.86-1.91	14.7	0.32	4600	0.984	0.086	0.332	0.775	100
1.91-1.97	14.7	0.275	4604	0.987	0.074	0.285	0.864	100
1.97-2.03	14.8	0.231	4623	0.992	0.062	0.239	0.819	100
2.03-2.1	14.9	0.19	4624	0.994	0.051	0.197	0.874	100
2.1-2.19	14.9	0.151	4597	0.995	0.04	0.156	0.756	100
2.19-2.28	14.9	0.144	4666	0.996	0.038	0.149	0.914	100
2.28-2.4	14.9	0.157	4621	0.995	0.042	0.162	1.041	100
2.4-2.56	14.9	0.145	4660	0.994	0.039	0.15	1.173	100
2.56-2.75	15	0.132	4668	0.992	0.035	0.136	1.33	100
2.75-3.03	14.9	0.128	4689	0.994	0.034	0.133	1.594	100
3.03-3.47	14.9	0.094	4707	0.997	0.025	0.097	1.225	100
3.47-4.37	14.8	0.052	4761	0.999	0.014	0.054	0.587	100
4.37-50	14.2	0.052	4929	0.997	0.014	0.054	0.544	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.61→26.619 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1679	4332	4.91 %
R_work	0.1319	83949	-
obs	0.1337	88281	95.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 85.9 Å² / B_iso mean: 18.9239 Å² / B_iso min: 4.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.61→26.619 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6249	0	96	1043	7388
B_iso mean	-	-	23.82	30.32	-
残基数	-	-	-	-	785

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6530
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.29	8896
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	950
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1122
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.144	2376

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6069-1.6252	0.2635	107	0.1865	1947	2054	67
1.6252-1.6443	0.232	101	0.1744	2152	2253	74
1.6443-1.6644	0.2168	146	0.1749	2200	2346	76
1.6644-1.6854	0.2181	103	0.1602	2345	2448	81
1.6854-1.7076	0.2035	141	0.1619	2420	2561	84
1.7076-1.731	0.2149	136	0.1664	2582	2718	88
1.731-1.7557	0.1996	141	0.1651	2646	2787	91
1.7557-1.7819	0.2191	158	0.1648	2729	2887	95
1.7819-1.8097	0.2291	132	0.159	2911	3043	98
1.8097-1.8394	0.1976	137	0.1572	2891	3028	99
1.8394-1.8711	0.1918	132	0.153	2936	3068	100
1.8711-1.9051	0.1974	169	0.1496	2883	3052	100
1.9051-1.9418	0.1681	161	0.1479	2929	3090	100
1.9418-1.9814	0.1819	154	0.1417	2899	3053	100
1.9814-2.0245	0.1808	144	0.1402	2924	3068	100
2.0245-2.0715	0.1771	150	0.1346	2927	3077	100
2.0715-2.1233	0.1599	135	0.1284	2929	3064	100
2.1233-2.1807	0.1486	142	0.1247	2922	3064	100
2.1807-2.2448	0.1756	129	0.1254	2975	3104	100
2.2448-2.3172	0.1578	150	0.1277	2932	3082	100
2.3172-2.4	0.1614	131	0.123	2939	3070	100
2.4-2.496	0.1695	148	0.116	2961	3109	100
2.496-2.6096	0.1497	150	0.1169	2922	3072	100
2.6096-2.747	0.1504	165	0.1231	2967	3132	100
2.747-2.9189	0.1616	173	0.1284	2943	3116	100
2.9189-3.144	0.1814	137	0.1372	2992	3129	100
3.144-3.4597	0.1666	154	0.1267	2982	3136	100
3.4597-3.959	0.1456	167	0.1139	2994	3161	100
3.959-4.9825	0.1215	186	0.1038	3004	3190	100
4.9825-26.6227	0.1735	153	0.1373	3166	3319	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0272	0.0047	-0.0168	0.0229	-0.0075	0.0261	0.0295	0.0258	-0.1124	0.0021	0.0193	-0.0269	0.0901	0.0944	0.0039	0.136	0.0283	-0.0131	0.083	-0.0294	0.1033	68.3172	48.427	70.085
2	0.0312	0.002	0.001	0.0867	-0.0083	0.1393	0.0196	0.0156	-0.0102	-0.027	0.0171	0.0269	0.043	-0.0091	0.0469	0.0623	0.0053	0.0008	0.0667	0.0108	0.0601	60.9404	62.2304	73.128
3	0.0081	0.0046	-0.0027	0.0146	0.011	0.0193	-0.0474	-0.0597	-0.0079	0.066	0.0368	-0.0104	0.0495	-0.039	0.0007	0.0906	0.0197	0.0124	0.1128	0.0175	0.0775	58.711	60.7887	107.2207
4	0.0914	0.0223	-0.0506	0.0878	0.0288	0.1848	0.0128	-0.0102	-0.0075	0.0091	0.0041	-0.0212	-0.0145	-0.0088	0	0.0631	0.0184	-0.0028	0.0554	0.0049	0.0623	63.633	64.3245	91.6252
5	0.0042	-0.001	-0.0043	0.0119	0.0101	0.0093	0.0147	0.0453	-0.1052	-0.0213	-0.052	0.0044	0.0612	-0.0553	-0	0.1421	-0.0131	-0.0055	0.0847	0.0002	0.1147	56.4575	48.492	69.4236
6	0.1023	-0.0845	0.0181	0.0891	0.0523	0.0915	0.013	-0.0252	0.0054	-0.0363	-0.005	-0.0207	-0.0464	-0.0497	0.0096	0.0775	-0.0175	0.0041	0.0749	0.0049	0.0761	60.8779	68.1847	85.0634
7	0.0497	0.0128	-0.0025	0.0558	0.0254	0.0547	-0.0413	0.0896	-0.0271	0.0198	0.071	-0.0422	0.0776	0.1434	-0.0018	0.0822	0.0036	0.0047	0.1152	-0.0207	0.1006	33.6953	50.1858	55.4236
8	-0.0005	-0.0005	-0.0046	0.008	0.0061	0.023	-0.042	0.033	0.016	-0.0443	0.0856	0.0533	-0.0221	0.0628	0.0025	0.0812	-0.0202	0.0006	0.0753	0.0104	0.0638	28.1355	63.253	51.1212
9	0.093	0.0549	-0.0209	0.2108	0.038	0.0205	-0.0123	-0.068	-0.0366	-0.0551	-0.0126	0.0594	-0.007	0.0145	-0.014	0.0366	-0.0043	-0.0024	0.0635	0.0233	0.0609	19.94	58.8776	65.3612
10	0.0092	0.0148	-0.0074	0.0245	-0.0058	0.0099	-0.0128	-0.0885	-0.0008	0.0998	-0.0439	-0.0314	0.0955	-0.0316	-0.0001	0.1608	-0.0317	0.0046	0.2684	0.0082	0.0877	24.7318	59.0056	92.9586
11	0.1104	0.0358	0.014	0.016	0.0293	0.132	-0.0212	-0.16	0.0576	-0.0259	-0.0019	-0.001	-0.0963	-0.0354	-0.0097	0.0714	0.0173	-0.0178	0.0919	-0.0309	0.0743	28.3696	71.8555	78.2548
12	0.2596	0.0784	0.0698	0.0833	0.0297	0.0502	0.0289	-0.0945	-0.0511	-0.0039	0.0056	-0.0431	0.0128	-0.0224	0.0112	0.055	0.005	-0.0112	0.0845	0.0075	0.0877	29.2593	56.662	76.0337
13	0.0461	-0.0106	0.0234	0.0257	0.0169	0.0345	-0.0262	0.0047	-0.0256	-0.0034	0.0001	0.0524	0.0398	-0.0252	-0.0011	0.0864	-0.0125	-0.0009	0.0672	0.0005	0.0844	17.7313	52.9549	62.9045
14	0.006	0.0006	-0.01	0.0112	0.0104	0.0276	-0.1097	-0.0304	0.1594	-0.04	0.0384	-0.0773	-0.0947	0.0342	-0.1081	0.0744	-0.0524	-0.1166	0.0159	-0.0992	0.148	36.2283	78.4049	73.8484

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 61 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 62 through 147 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 148 through 174 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 175 through 308 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 309 through 332 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 333 through 411 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 19 through 71 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 72 through 104 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 105 through 148 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 149 through 174 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 175 through 231 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 232 through 308 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 309 through 372 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 373 through 410 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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