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万見
- PDB-5cd6: Crystal structure of a TPR-domain containing protein (BDI_1685) f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cd6
タイトルCrystal structure of a TPR-domain containing protein (BDI_1685) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.26 A resolution
要素TPR-domain containing protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / TPR domain / Supersandwich domain / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性Domain of unknown function DUF5107 / Domain of unknown function (DUF5107) / metal ion binding / TPR-domain containing protein
機能・相同性情報
生物種Parabacteroides distasonis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a TPR-domain containing protein (BDI_1685) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.26 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2015年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation_author / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TPR-domain containing protein
B: TPR-domain containing protein
C: TPR-domain containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,50010
ポリマ－201,0643
非ポリマー4377
水29,3641630
1
A: TPR-domain containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1934
ポリマ－67,0211
非ポリマー1723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TPR-domain containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1533
ポリマ－67,0211
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: TPR-domain containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1533
ポリマ－67,0211
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: TPR-domain containing protein
B: TPR-domain containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,3477
ポリマ－134,0422
非ポリマー3045
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area44040 Å2
手法PISA
5
C: TPR-domain containing protein
ヘテロ分子

C: TPR-domain containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,3076
ポリマ－134,0422
非ポリマー2644
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area4430 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area43550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.480, 167.480, 312.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 TPR-domain containing protein


分子量: 67021.234 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Parabacteroides distasonis (strain ATCC 8503 / DSM 20701 / NCTC 11152) (バクテリア)
株: ATCC 8503 / DSM 20701 / NCTC 11152 / 遺伝子: BDI_1685 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: A6LCM3
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT (22-600) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT (22-600) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2000M calcium acetate, 20.0000% polyethylene glycol 1000, 0.1M Imidazole pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.95369,0.97937,0.97922
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月4日
詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.953691
20.979371
30.979221
反射解像度: 2.26→29.715 Å / Num. obs: 125291 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.944 % / Biso Wilson estimate: 40.583 Å2 / Rmerge F obs: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 7.11 / Num. measured all: 460901
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
2.26-2.340.6340.44124701024488241630.608198.7
2.34-2.430.7320.3512.54543723730233730.48498.5
2.43-2.540.8110.27534739124729243800.37998.6
2.54-2.680.8860.2063.94926825861253140.28397.9
2.68-2.850.9280.1565.14698824886241950.21597.2
2.85-3.070.960.1156.64580524594235640.15995.8
3.07-3.370.980.089.24359624013225130.1193.8
3.37-3.860.9850.06111.94444124896229580.08492.2
3.86-4.850.9890.0513.74392424557226440.0792.2
4.85-29.7150.9940.03814.24704125040240010.05395.9

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
BUSTER2.10.2精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.26→29.715 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9232 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. THE MAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. 3. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 4. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2081 6420 5.15 %RANDOM
Rwork0.1746 ---
obs0.1763 124624 98.46 %-
原子変位パラメータBiso max: 139.3 Å2 / Biso mean: 39.6338 Å2 / Biso min: 15.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.6472 Å20 Å20 Å2
2---0.5313 Å20 Å2
3---3.1785 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.258 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→29.715 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13974 0 22 1630 15626
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6505SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes363HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2044HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14403HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1831SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact17148SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d14403HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg19628HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.77
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.32 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 467 5.04 %
Rwork0.2006 8793 -
all0.2029 9260 -
obs--98.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7175-0.3106-0.28350.5194-0.00480.76320.04120.0802-0.022-0.0559-0.0470.04590.011-0.15310.0058-0.08950.0429-0.0141-0.02390.0128-0.09136.668144.2464201.537
20.7221-0.24610.00510.70850.09010.7374-0.0079-0.0273-0.0169-0.00320.025-0.09440.12890.1412-0.0171-0.10330.0544-0.0003-0.05160.0067-0.087639.023928.2273215.785
30.480.0628-0.12830.91740.09541.0588-0.0267-0.01540.0739-0.04110.07870.0518-0.2437-0.1001-0.052-0.05710.0053-0.0052-0.0910.0272-0.122843.833317.8797148.688
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|22 - 600}A22 - 600
2X-RAY DIFFRACTION2{B|22 - 600}B22 - 600
3X-RAY DIFFRACTION3{C|22 - 600}C22 - 600

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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