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万見
- PDB-5c83: Fragment-Based Drug Discovery Targeting Inhibitor of Apoptosis Pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c83
タイトルFragment-Based Drug Discovery Targeting Inhibitor of Apoptosis Proteins: Compound 21
要素E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
キーワードAPOPTOSIS (アポトーシス) / ligase (リガーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase regulator activity / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / positive regulation of protein linear polyubiquitination / regulation of BMP signaling pathway / copper ion homeostasis / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response ...endopeptidase regulator activity / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / positive regulation of protein linear polyubiquitination / regulation of BMP signaling pathway / copper ion homeostasis / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Regulation of the apoptosome activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / protein serine/threonine kinase binding / regulation of innate immune response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / protein K63-linked ubiquitination / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of type I interferon production / Regulation of PTEN localization / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Regulation of TNFR1 signaling / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Regulation of necroptotic cell death / Wntシグナル経路 / Regulation of PTEN stability and activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / regulation of apoptotic process / neuron apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cell cycle / defense response to bacterium / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat ...XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / 薬指 / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4YN / E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Chessari, G. / Buck, I.M. / Day, J.E.H. / Day, P.J. / Iqbal, A. / Johnson, C.N. / Lewis, E.J. / Martins, V. / Miller, D. / Reader, M. ...Chessari, G. / Buck, I.M. / Day, J.E.H. / Day, P.J. / Iqbal, A. / Johnson, C.N. / Lewis, E.J. / Martins, V. / Miller, D. / Reader, M. / Rees, D.C. / Rich, S.J. / Tamanini, E. / Vitorino, M. / Ward, G.A. / Williams, P.A. / Williams, G. / Wilsher, N.E. / Woolford, A.J.-A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Fragment-Based Drug Discovery Targeting Inhibitor of Apoptosis Proteins: Discovery of a Non-Alanine Lead Series with Dual Activity Against cIAP1 and XIAP.
著者: Chessari, G. / Buck, I.M. / Day, J.E. / Day, P.J. / Iqbal, A. / Johnson, C.N. / Lewis, E.J. / Martins, V. / Miller, D. / Reader, M. / Rees, D.C. / Rich, S.J. / Tamanini, E. / Vitorino, M. / ...著者: Chessari, G. / Buck, I.M. / Day, J.E. / Day, P.J. / Iqbal, A. / Johnson, C.N. / Lewis, E.J. / Martins, V. / Miller, D. / Reader, M. / Rees, D.C. / Rich, S.J. / Tamanini, E. / Vitorino, M. / Ward, G.A. / Williams, P.A. / Williams, G. / Wilsher, N.E. / Woolford, A.J.
履歴
登録2015年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1753
ポリマ－12,6861
非ポリマー4892
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.145, 71.145, 106.403
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-547-

HOH

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase XIAP / Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / IAP-like protein / hILP / Inhibitor of apoptosis ...Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / IAP-like protein / hILP / Inhibitor of apoptosis protein 3 / hIAP3 / X-linked inhibitor of apoptosis protein / X-linked IAP


分子量: 12686.206 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 249-354 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Image clone / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XIAP, API3, BIRC4, IAP3 / プラスミド: pET 28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P98170, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-4YN / (2R,5R)-4-[2-(6-benzyl-3,3-dimethyl-2,3-dihydro-1H-pyrrolo[3,2-c]pyridin-1-yl)-2-oxoethyl]-5-(methoxymethyl)-2-methylpiperazin-1-ium


分子量: 423.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H35N4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Hepes-NaOH 7.5, 3.9M NaCl / PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→42.6 Å / Num. obs: 12242 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 2.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.283 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OPY

2opy


解像度: 2.33→42.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 9.949 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27295 646 5.5 %RANDOM
Rwork0.20923 ---
obs0.2126 11126 96.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.985 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.22 Å2-0 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.33→42.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数874 0 32 143 1049
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.019936
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02435
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3791.9161272
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.1870.95779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4425106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.3872449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.35915.29155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.062154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.022739
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.0147
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4185.742427
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3326.487507
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3296.494508
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.57313.682317
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.391 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 33 -
Rwork0.305 712 -
obs--85.53 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.2497 Å / Origin y: -28.506 Å / Origin z: -4.2841 Å
111213212223313233
T0.0722 Å2-0.0495 Å20.0154 Å2-0.1205 Å2-0.021 Å2--0.0092 Å2
L6.3614 °2-0.5596 °21.5257 °2-3.3999 °2-0.1733 °2--3.9616 °2
S0.0863 Å °-0.2853 Å °0.1018 Å °0.3188 Å °-0.0373 Å °0.1005 Å °-0.18 Å °0.0474 Å °-0.049 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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