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- PDB-5c5s: Crystal Structure of human Myosin 9b RhoGAP domain at 2.2 angstrom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c5s
タイトルCrystal Structure of human Myosin 9b RhoGAP domain at 2.2 angstrom
要素Unconventional myosin-IXb
キーワードSIGNALING PROTEIN / RhoGAP domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Roundabout binding / lamellipodium morphogenesis / actin filament-based movement / SLIT2:ROBO1 increases RHOA activity / Roundabout signaling pathway / regulation of Rho protein signal transduction / RHOF GTPase cycle / myosin complex / regulation of small GTPase mediated signal transduction / microfilament motor activity ...Roundabout binding / lamellipodium morphogenesis / actin filament-based movement / SLIT2:ROBO1 increases RHOA activity / Roundabout signaling pathway / regulation of Rho protein signal transduction / RHOF GTPase cycle / myosin complex / regulation of small GTPase mediated signal transduction / microfilament motor activity / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / Rho protein signal transduction / RHOA GTPase cycle / ruffle / RAC1 GTPase cycle / GTPase activator activity / マイクロフィラメント / FCGR3A-mediated phagocytosis / ADP binding / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / small GTPase binding / actin filament binding / マイクロフィラメント / lamellipodium / actin binding / 細胞皮質 / calmodulin binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Unconventional myosin-IXb / Class IX myosin, motor domain / : / : / Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A / Rho GTPase activation protein / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain ...Unconventional myosin-IXb / Class IX myosin, motor domain / : / : / Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A / Rho GTPase activation protein / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain / IQ calmodulin-binding motif / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / IQ motif profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / IQ motif, EF-hand binding site / C1-like domain superfamily / Kinesin motor domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Unconventional myosin-IXb
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yi, F.S. / Ren, J.Q. / Feng, W.
引用ジャーナル: J.Clin.Invest. / 年: 2015
タイトル: Myo9b is a key player in SLIT/ROBO-mediated lung tumor suppression
著者: Kong, R. / Yi, F. / Wen, P. / Liu, J. / Chen, X. / Ren, J. / Li, X. / Shang, Y. / Nie, Y. / Wu, K. / Fan, D. / Zhu, L. / Feng, W. / Wu, J.Y.
履歴
登録2015年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月17日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Unconventional myosin-IXb
B: Unconventional myosin-IXb
C: Unconventional myosin-IXb
D: Unconventional myosin-IXb


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,2414
ポリマ－104,2414
非ポリマー00
水6,359353
1
A: Unconventional myosin-IXb


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0601
ポリマ－26,0601
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Unconventional myosin-IXb


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0601
ポリマ－26,0601
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Unconventional myosin-IXb


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0601
ポリマ－26,0601
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Unconventional myosin-IXb


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0601
ポリマ－26,0601
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.084, 84.984, 134.139
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Unconventional myosin-IXb / Unconventional myosin-9b


分子量: 26060.262 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1691-1916 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYO9B, MYR5 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13459
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2 M NH4Ac, 0.1 M Bis-Tris and 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 45424 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/av σ(I): 10.5 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OW3

1ow3


解像度: 2.2→39.57 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2459 1995 4.4 %Random selection
Rwork0.2214 43350 --
obs0.2225 45345 99.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.81 Å2 / Biso mean: 52.6595 Å2 / Biso min: 19.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→39.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6417 0 0 353 6770
Biso mean---46.77 -
残基数----817
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036598
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7068947
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0251049
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031145
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.792520
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1997-2.25470.34011390.28763029316899
2.2547-2.31570.34361410.278130423183100
2.3157-2.38380.31241400.281530723212100
2.3838-2.46080.34331410.306330503191100
2.4608-2.54870.34161410.27430753216100
2.5487-2.65070.31321420.273330523194100
2.6507-2.77130.31871410.251130713212100
2.7713-2.91740.31521430.276230893232100
2.9174-3.10010.26671420.257830973239100
3.1001-3.33940.30721430.243130813224100
3.3394-3.67520.21671440.225131213265100
3.6752-4.20650.20871430.189531153258100
4.2065-5.29770.21471450.168731663311100
5.2977-39.57670.16111500.17473290344099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.204-0.62171.05924.2195-1.71945.3606-0.04770.1235-0.3449-0.02220.08590.53450.3215-0.5688-0.0390.2854-0.0437-0.00530.239-0.05830.3116-12.980139.890818.0667
21.01820.7183-0.65516.0016-2.76534.83440.04480.18080.0493-0.0696-0.1983-0.1874-0.150.36310.12950.131-0.013-0.00810.2439-0.01090.22280.821452.405912.4433
33.02750.7321-0.40865.8832.81777.0460.04480.09360.00690.0314-0.17470.01850.01250.44890.19530.19830.0048-0.04390.16380.03620.36875.171552.204813.9902
47.96880.6173.50937.3592-0.48335.9553-0.1339-0.68110.71470.4430.2466-0.7187-0.72871.30520.07780.2884-0.10820.04890.6885-0.17540.468915.582843.696845.121
56.4283-1.66444.8737.6816-3.74178.65430.3502-0.2836-0.39160.37090.26940.75570.9279-0.2192-0.6160.30480.01010.01150.21360.05680.3314-2.358934.954543.0636
67.49174.0531-4.17587.345-4.75887.8988-0.03820.0031-0.9772-0.5211-0.4403-1.14061.12781.14040.41250.47080.1905-0.0270.4382-0.00830.622714.673129.942245.1187
75.2799-2.9866-2.66553.81174.72066.5232-0.2833-0.97380.35050.58560.8228-0.5154-0.43160.9468-0.59310.6123-0.0042-0.00520.4472-0.00890.32995.669147.539956.3445
82.02590.02290.48266.10152.76636.6079-0.0711-0.3150.2040.21530.18110.0266-1.29890.1453-0.10160.57290.01170.08960.3110.00530.33810.61350.992150.9072
95.55241.34060.65497.5204-3.71493.1895-0.19770.08890.2461-0.1813-0.03930.2674-1.1371-0.52330.2620.74090.09630.04790.24440.0080.414-3.692354.779545.2422
107.48693.2281-5.25563.5442-2.86546.85050.2111-1.23620.95352.35030.23620.0414-1.66681.4033-0.50840.67610.0642-0.090.4851-0.15760.4309-1.527660.360921.05
117.07073.2982.08928.2804-1.94642.29290.3728-0.01860.5809-0.6206-0.56442.0944-1.407-1.79320.22460.62140.2113-0.07330.60980.00230.676618.359548.016917.1949
127.11820.1554.78797.71170.647.15470.42640.0195-0.44220.5147-0.06570.19470.8385-0.143-0.30370.3829-0.0322-0.02430.2238-0.00330.291534.865641.348825.7116
132.899-3.05972.43549.4573-0.93888.79880.8719-0.1283-2.50740.05120.06270.92741.571-0.7828-0.90130.764-0.2142-0.30170.52960.09391.042425.586732.391721.4966
144.55120.35021.18038.5513-5.24327.90070.1740.6663-0.1908-0.52170.07360.33650.28670.1748-0.25660.29410.119-0.01940.385-0.0850.251132.776651.091510.8103
158.32575.5597-5.84396.6268-3.74624.14850.38990.32260.98430.4281-0.16650.4972-1.47780.6126-0.15480.72010.03070.05320.61660.19570.480834.920265.726113.7923
167.2872-2.19633.33934.3522-2.31028.36510.0450.13570.05940.22340.06210.1483-0.1397-0.0784-0.11720.24860.00160.01950.1337-0.01450.296736.956750.552819.6219
175.6333-0.84810.41337.71460.30861.94610.02340.1322-0.05640.4776-0.10080.1308-0.04150.38480.11020.2840.02830.0240.23010.07410.374540.608757.822418.8032
188.9486-4.5672-4.22874.55455.54378.20681.47591.02061.0745-2.25370.0454-0.6321-3.0404-0.4383-1.471.00930.04880.08730.6408-0.00150.384438.473664.073546.2077
198.67611.61942.16176.99530.7846.9047-0.129-0.37410.32470.0296-0.1386-0.31590.20320.85630.23190.27050.1110.03220.39870.05380.309548.85947.133747.5679
203.8071-1.7075-1.993.00091.67473.1975-0.5344-0.678-0.2250.8010.5035-0.68290.90661.36850.00310.56980.2098-0.06120.5980.06420.463151.796644.275652.6733
212.1092-1.2927-0.89965.61422.32527.17110.0966-0.2628-0.01960.2742-0.1640.2372-0.4305-0.79080.060.25590.04620.02270.39570.05280.240335.613155.726853.224
222.8411-0.12320.39693.8554-0.61479.35990.1756-0.11540.00870.1145-0.03770.0826-0.0846-0.7317-0.1530.20180.03840.040.28760.00260.399632.823855.493452.9505
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 111 through 196 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 197 through 273 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 274 through 318 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 114 through 145 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 146 through 158 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 159 through 182 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 183 through 217 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 218 through 287 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 288 through 314 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 315 through 319 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 114 through 132 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 133 through 158 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 159 through 182 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 183 through 218 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 219 through 234 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 235 through 276 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 277 through 314 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 315 through 319 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 116 through 160 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 161 through 206 )D0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 207 through 273 )D0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 274 through 318 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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