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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5c5e | ||||||
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タイトル | Structure of KaiA dimer in complex with C-terminal KaiC peptide at 2.8 A resolution | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Clock protein KaiA-KaiC complex (時計) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 detection of redox state / negative regulation of protein dephosphorylation / regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / positive regulation of circadian rhythm / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / 概日リズム / non-specific serine/threonine protein kinase ...detection of redox state / negative regulation of protein dephosphorylation / regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / positive regulation of circadian rhythm / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / 概日リズム / non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Synechococcus elongatus (バクテリア) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å | ||||||
データ登録者 | Pattanayek, R. / Egli, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015 タイトル: Protein-Protein Interactions in the Cyanobacterial Circadian Clock: Structure of KaiA Dimer in Complex with C-Terminal KaiC Peptides at 2.8 angstrom Resolution. 著者: Pattanayek, R. / Egli, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5c5e.cif.gz | 136.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5c5e.ent.gz | 107 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5c5e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/5c5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/5c5e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4g86S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33495.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア) 株: PCC 7942 / 遺伝子: kaiA, Synpcc7942_1218, see0009 / プラスミド: PET32A+ / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q79PF6 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2247.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q79PF4*PLUS #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.52 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 180 mM ammonium sulfate, 85 mM sodium cacodylate pH 6.8, 20% PEG 8000 and 15% glycerol in the reservoir. PH範囲: 6.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.82→46.192 Å / Num. obs: 15075 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/av σ(I): 37.1 / Net I/σ(I): 37.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.82→2.89 Å / 冗長度: 22.5 % / Rmerge(I) obs: 0.805 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4G86 解像度: 2.82→46.192 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.96 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.82→46.192 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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