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Yorodumi- PDB-5c54: Crystal structure of a novel N-acetylneuraminic acid lyase from C... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5c54 | ||||||
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Title | Crystal structure of a novel N-acetylneuraminic acid lyase from Corynebacterium glutamicum | ||||||
Components | Dihydrodipicolinate synthase/N-acetylneuraminate lyase | ||||||
Keywords | LYASE / N-acetylneuraminic acid lyase / Aldolase / TIM barrel | ||||||
Function / homology | Function and homology information N-acetylneuraminate lyase activity / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.601 Å | ||||||
Authors | Shen, Y. / Zhou, J. / Xie, J. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of a novel N-acetylneuraminic acid lyase from Corynebacterium glutamicum Authors: Shen, Y. / Zhou, J. / Xie, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5c54.cif.gz | 518.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5c54.ent.gz | 424 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5c54.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/5c54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/5c54 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32759.055 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (bacteria) Strain: ATCC 13032 / Gene: Cgl2646 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8NMD2, N-acetylneuraminate lyase #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9 / Details: 0.1 M Tris, 1.2 M Lithium chloride, 30% PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-5A / Wavelength: 0.97908, 0.96406, 0.97929 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 28, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 7.6 % / Number: 1475197 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Χ2: 1.73 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 194501 / % possible obs: 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 319011 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 15.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 1.093 / Net I/av σ(I): 20.795 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 2416688 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: MAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.601→34.268 Å / FOM work R set: 0.8776 / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.67 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 68.03 Å2 / Biso mean: 19.12 Å2 / Biso min: 6.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.601→34.268 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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