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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5c1v | |||||||||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CATALYTIC SUBUNIT OF HUMAN CALCINEURIN | |||||||||||||||
要素 | Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit alpha isoform | |||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / 4-LAYER SANDWICH / SERINE/THREONINE PHOSPHATASE / CALCIUM BINDING (カルシウム) | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of angiotensin-activated signaling pathway / regulation of cell proliferation involved in kidney morphogenesis / positive regulation of glomerulus development / negative regulation of calcium ion import across plasma membrane / negative regulation of signaling / protein serine/threonine phosphatase complex / positive regulation of saliva secretion / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / calmodulin-dependent protein phosphatase activity ...negative regulation of angiotensin-activated signaling pathway / regulation of cell proliferation involved in kidney morphogenesis / positive regulation of glomerulus development / negative regulation of calcium ion import across plasma membrane / negative regulation of signaling / protein serine/threonine phosphatase complex / positive regulation of saliva secretion / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / calcineurin complex / positive regulation of connective tissue replacement / slit diaphragm / negative regulation of dendrite morphogenesis / calcineurin-mediated signaling / peptidyl-serine dephosphorylation / calcineurin-NFAT signaling cascade / renal filtration / skeletal muscle tissue regeneration / transition between fast and slow fiber / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of osteoclast differentiation / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / dendrite morphogenesis / cyclosporin A binding / myosin phosphatase activity / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / extrinsic component of plasma membrane / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of endocytosis / Calcineurin activates NFAT / positive regulation of cell adhesion / DARPP-32 events / negative regulation of insulin secretion / epidermis development / positive regulation of osteoblast differentiation / multicellular organismal response to stress / skeletal muscle fiber development / 脱リン酸化 / keratinocyte differentiation / response to amphetamine / T細胞 / excitatory postsynaptic potential / FCERI mediated Ca+2 mobilization / protein dephosphorylation / cellular response to glucose stimulus / wound healing / Schaffer collateral - CA1 synapse / modulation of chemical synaptic transmission / G1/S transition of mitotic cell cycle / 筋鞘 / Z disc / response to calcium ion / protein import into nucleus / calcium ion transport / Ca2+ pathway / ATPase binding / 樹状突起スパイン / protein dimerization activity / calmodulin binding / positive regulation of cell migration / negative regulation of gene expression / glutamatergic synapse / calcium ion binding / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / 核質 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Guasch, A. / Fita, I. / Perez-Luque, R. / Aparicio, D. / Aranguren-Ibanez, A. / Perez-Riba, M. | |||||||||||||||
資金援助 | スペイン, 4件
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引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2015 タイトル: Calcineurin Undergoes a Conformational Switch Evoked via Peptidyl-Prolyl Isomerization. 著者: Guasch, A. / Aranguren-Ibanez, A. / Perez-Luque, R. / Aparicio, D. / Martinez-Hyer, S. / Mulero, M.C. / Serrano-Candelas, E. / Perez-Riba, M. / Fita, I. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5c1v.cif.gz | 274.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5c1v.ent.gz | 224.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5c1v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/5c1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/5c1v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1auiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 24 - 340 / Label seq-ID: 23 - 339
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39773.363 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 2-347 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP3CA, CALNA, CNA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q08209, protein-serine/threonine phosphatase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.74 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 25% PEG 3350, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K PH範囲: 7.5 |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 3.35→47.8 Å / Num. obs: 15994 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 17.1 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Net I/σ(I): 13 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 3.35→3.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.884 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1AUI 解像度: 3.35→47.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 65.827 / SU ML: 0.446 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.491 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 117.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.35→47.8 Å
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拘束条件 |
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